Kluczowa różnica między retrotranspozonami LTR i innymi niż LTR polega na tym, że retrotranspozony LTR są rodzajem retrotranspozonów, które mają w swojej strukturze długie końcowe powtórzenia, podczas gdy retrotranspozony inne niż LTR są rodzajem retrotranspozonów, które nie mają długich końcowych powtórzeń w ich strukturze.
Retrotranspozony (elementy transpozycyjne klasy I lub transpozony za pośrednictwem produktów pośrednich RNA) są rodzajem komponentu genetycznego, który może kopiować i wklejać się w różne miejsca genomu. Dokonują tego, przekształcając RNA z powrotem w DNA w procesie zwanym odwrotną transkrypcją przy użyciu pośredniej transpozycji RNA. Istnieją dwa główne typy retrotranspozonów, takie jak retrotranspozony LTR i inne niż LTR
Co to są retrotranspozony LTR?
Retrotranspozony LTR są rodzajem retrotranspozonów, które mają w swojej strukturze długie powtórzenia końcowe. Długie nici powtarzającego się DNA można znaleźć na każdym końcu retrotranspozonu LTR. Są one znane jako długie powtórzenia końcowe (LTR). Każdy LTR ma długość kilkuset par zasad. Retrotranspozony LTR mają zwykle długość ponad 5 kilozasad. Co więcej, pomiędzy długimi powtórzeniami końcowymi znajdują się geny, które mogą podlegać transkrypcji równoważne genom retrowirusowym gag i pol. Geny te nakładają się na siebie, dzięki czemu kodują proteazę, która normalnie przetwarza powstały transkrypt w funkcjonalne produkty genowe.
Rysunek 01: Retrotranspozony LTR
Gag retrotranspozonów tworzy produkt, który łączy się z innymi transkryptami retrotranspozonów, tworząc cząstki wirusopodobne. Gen Pol wytwarza produkty zawierające enzymy, takie jak domeny odwrotnej transkryptazy, integrazy i rybonukleazy H. Enzym odwrotnej transkryptazy przeprowadza odwrotną transkrypcję DNA retrotranspozonu. Enzym integraza integruje DNA retrotranspozonu z DNA genomu eukariotycznego. Domeny rybonukleazy H są pomocne w rozszczepianiu wiązań fosfodiestrowych między pośrednikami RNA. Retrotranspozony LTR kodują również transkrypty z miejscami wiązania tRNA, dzięki czemu mogą one dość łatwo podlegać odwrotnej transkrypcji. Ponadto, ponieważ retrotranspozon zawiera informacje o genomie eukariotycznym, może wstawiać swoje kopie do innych lokalizacji genomowych w komórce eukariotycznej.
Czym są retrotranspozony inne niż LTR?
Retrotranspozony inne niż LTR są rodzajem retrotranspozonów, które nie mają w swojej strukturze długich powtórzeń końcowych. Podobnie jak retrotranspozony LTR, retrotranspozony inne niż LTR zawierają również geny odwrotnej transkryptazy, białka wiążącego RNA, nukleazy i czasami rybonukleazy H domeny. Ale brakuje im długich powtórek końcowych; zamiast tego mają krótkie powtórzenia, które mogą mieć odwróconą kolejność zasad obok siebie. Białka wiążące RNA wiążą się z pośrednim transpozycji RNA, a nukleazy rozrywają wiązania fosfodiestrowe między nukleotydami w kwasach nukleinowych.
Rysunek 02: Retrotranspozony LTR i inne niż LTR
Chociaż są to retrotranspozony, nie mogą przeprowadzać odwrotnej transkrypcji przy użyciu pośredniego RNA w taki sam sposób, jak retrotranspozony LTR. Dzieje się tak, ponieważ retrotranspozony inne niż LTR nie zawierają sekwencji wiążących tRNA. W związku z tym retrotranspozon inny niż LTR ulegający transkrypcji do mRNA i ulegający translacji do białek działa jak odwrotna transkryptaza. Odwrotna transkryptaza tworzy kopię DNA RNA retrotranspozonu innego niż LTR, którą można zintegrować z genomem w nowym miejscu. Ponadto retrotranspozony inne niż LTR dzielą się na dwa typy: LINE (długie przeplatane elementy jądrowe) i SINE (krótkie przeplatane elementy jądrowe).
Jakie są podobieństwa między retrotranspozonami LTR i innymi niż LTR?
- Retrotranspozony LTR i inne niż LTR to dwa główne typy retrotranspozonów.
- Oba typy zawierają geny dla enzymów, takich jak odwrotna transkryptaza, białko wiążące RNA, nukleaza i domeny rybonukleazy H.
- Można je znaleźć w ludzkim genomie.
- Oba typy są ważne z punktu widzenia ewolucji.
Jaka jest różnica między retrotranspozonami LTR i innymi niż LTR?
Retrotranspozony LTR mają w swojej strukturze długie powtórzenia końcowe, podczas gdy retrotranspozony inne niż LTR nie mają w swojej strukturze długich powtórzeń końcowych. Jest to zatem kluczowa różnica między retrotranspozonami LTR i innymi niż LTR. Ponadto retrotranspozony LTR mają długie proste powtórzenia, które są tylko jedną sekwencją powtarzających się zasad. Z drugiej strony retrotranspozony inne niż LTR mają krótkie powtórzenia, które mogą mieć odwróconą kolejność zasad obok siebie.
Poniższa infografika przedstawia różnice między retrotranspozonami LTR i nie-LTR w formie tabelarycznej do bezpośredniego porównania.
Podsumowanie – LTR kontra retrotranspozony bez LTR
LTR i retrotranspozony inne niż LTR to dwa główne typy retrotranspozonów. Retrotranspozony LTR mają w swojej strukturze długie końcowe powtórzenia, podczas gdy retrotranspozony inne niż LTR nie mają w swojej strukturze długich końcowych powtórzeń. Jest to więc kluczowa różnica między retrotranspozonami LTR i innymi niż LTR.
