Kluczowa różnica między LINEs i SINE polega na tym, że LINEs (długie rozproszone elementy jądrowe) są rodzajem dłuższych retrotranspozonów innych niż LTR, podczas gdy SINE (krótkie, rozproszone elementy jądrowe) są rodzajem znacznie krótszych retrotranspozonów innych niż LTR.
Retrotranspozony inne niż LTR nie zawierają długich powtórzeń końcowych (LTR). Zawierają jednak geny odwrotnej transkryptazy, białka wiążącego RNA, nukleazy i domeny rybonukleazy H. Retrotranspozony inne niż LTR mają krótkie powtórzenia. Te powtórzenia mają odwróconą kolejność zasad obok siebie. Poza tym retrotranspozony inne niż LTR mają również bezpośrednie powtórzenia znalezione w transpozonach LRT. Retrotranspozony inne niż LTR dzielą się na dwie kategorie jako LINE i SINE.
Co to są LINIE?
LINEs (długie rozproszone elementy jądrowe) są dłuższymi retrotranspozonami innymi niż LTR. Są szeroko rozpowszechnione w genomach eukariontów. Zwykle stanowią 21,1% ludzkiego genomu. Każda LINIA ma długość około 7000 par zasad. LINEs mogą transkrybować do mRNA i przekładać się na białko, które może działać jako enzym odwrotnej transkryptazy. Ta odwrotna transkryptaza wytwarza kopie DNA LINEs RNA. Te kopie DNA można zintegrować z genomem w nowym miejscu.
Rysunek 01: LINIE i SINE
Ludzki genom ma tylko jedną obfitą LINIĘ zwaną LINE-1. Element LINE-1 ma długość około 6000 par zasad. W ludzkim genomie znajduje się około 100 000 skróconych elementów LINE-1. W LINES może wystąpić losowa mutacja. Z powodu przypadkowych mutacji LINE mogą ulec degeneracji. Nie są już przepisywane ani tłumaczone. Ponadto LINE są pogrupowane w pięć głównych grup, takich jak L1, RTE, R2, I i jockey. Te pięć grup dzieli się dalej na kolejne 28 kladów.
LINES są zwykle propagowane przez mechanizm zwany mechanizmem odwrotnej transkrypcji docelowej (TPRT). Wprowadzenie LINES powoduje choroby u ludzi, takie jak hemofilia A, rak, zaburzenia mendlowskie itp. Hipometylacja LINES wywołuje również pewne rodzaje raka.
Co to są SINE?
SINE (krótkie rozproszone elementy jądrowe) są rodzajem znacznie krótszych retrotranspozonów innych niż LTR. Mają długość około 100 do 700 par zasad. SINE są również elementami DNA, które wzmacniają się w genomach eukariotycznych poprzez pośrednie RNA. SINE stanowią około 13% genomu ssaków. Wewnętrzne regiony SINE pochodzą z tRNA. Pozostaje bardzo konserwowany. Często występują u wielu gatunków kręgowców i bezkręgowców. Zmienność liczby kopii i mutacje w SINE można włączyć w celu skonstruowania klasyfikacji gatunków opartej na filogenezie.
SINES można podzielić na trzy główne typy: CORE-SINEs, V-SINEs i AmnSINEs. Pierwiastek Alu jest najczęściej występującym SINE u naczelnych. Ponadto istnieje ponad 50 chorób ludzkich związanych z wprowadzeniem SINE. Kiedy wstawiają się w egzony lub w ich pobliżu, mogą powodować niewłaściwe splicing lub zmienić ramkę odczytu. Prowadzi to do fenotypów chorobowych, takich jak rak piersi, rak jelita grubego, białaczka, hemofilia, mukowiscydoza, rak jelita grubego, choroba Denta, nerwiakowłókniakowatość itp.
Jakie są podobieństwa między LINES i SINE?
- LINES i SINEs to dwa rodzaje retrotranspozonów innych niż LTR.
- Oba nie mają długich regionów terminali (LTR).
- Oba występują głównie u eukariontów.
- Oboje nie są autonomiczni.
Jaka jest różnica między LINES a SINE?
LINEs są dłuższymi retrotranspozonami innymi niż LTR, podczas gdy SINE są znacznie krótszymi retrotranspozonami nienależącymi do LTR. To jest kluczowa różnica między LINEs a SINE. Ponadto LINES koduje enzym odwrotnej transkryptazy, podczas gdy SINE nie koduje enzymu odwrotnej transkryptazy. Jest to więc kolejna różnica między LINEs i SINEs.
Więcej różnic między LINES i SINEs jest wymienionych poniżej w formie tabelarycznej dla porównania obok siebie.
Podsumowanie – LINIE kontra SINE
Retrotranspozony występują głównie u wszystkich eukariontów, ale nie występują u prokariontów. Około 37% ludzkiego genomu zawiera retrotranspozony. Retrotranspozony to głównie dwa typy: retrotranspozony LTR i nie-LTR. Retrotranspozony inne niż LTR nie zawierają długich powtórzeń końcowych (LTR), które są obecne w retrotranspozonach LTR. Retrotranspozony inne niż LTR dzielą się dalej na dwie kategorie: LINEs i SINE. LINEs są dłuższymi retrotranspozonami innymi niż LTR, podczas gdy SINE są znacznie krótszymi retrotranspozonami innymi niż LTR. Tak więc jest to podsumowanie różnicy między LINES i SINEs.
