Kluczowa różnica między proteomiką ukierunkowaną i niecelowaną polega na tym, że proteomika ukierunkowana ma na celu pomiar obfitości określonego białka, podczas gdy proteomika niecelowana nie jest ukierunkowana na określone białko.
Proteomika to zakrojone na szeroką skalę badania białek, ich struktur i funkcji. Bada cały dopełniacz białkowy w komórce, tkance lub organizmie w określonych warunkach. Istnieją dwa rodzaje proteomiki: proteomika ukierunkowana i proteomika nieukierunkowana.
Co to jest proteomika celowana?
Jak sama nazwa wskazuje, ukierunkowana proteomika jest ukierunkowana na określone białko lub peptyd w złożonej mieszaninie białek do analizy. Następnie analizuje obecność i ilość tego wcześniej wyselekcjonowanego konkretnego białka. Ta metoda jest możliwa tylko dla jednej próbki lub wielu próbek. Ta metoda jest odpowiednia nawet dla określonej grupy białek. Daje to bardziej precyzyjne, ilościowe i wrażliwe dane. Co więcej, spektrometria masowa w połączeniu z ukierunkowaną proteomiką zapewnia dokładniejsze, wiarygodne pomiary. Do analizy tej metody wykorzystuje się potrójny kwadrupolowy spektrometr masowy (QQQ).
Rysunek 01: Proteomika
Proteomika ukierunkowana jest odpowiednią metodą, jeśli chcesz zweryfikować, czy cel knockdown jest rzeczywiście wyłączony lub jeśli chcesz określić ilościowo określone białko/peptyd w surowicy krwi, płynie mózgowym lub lizacie komórkowym itp. Możesz również użyj go, jeśli chcesz sprawdzić, czy określone białko jest różnie wyrażane w próbkach lub podczas eksperymentu z przebiegiem czasu.
Co to jest nieukierunkowana proteomika?
Proteomika nieukierunkowana, jak sama nazwa wskazuje, nie ma na celu analizy konkretnego białka lub peptydu. Discovery proteomics to inna nazwa proteomiki nieukierunkowanej. W rzeczywistości jest to bardziej „globalna” analiza. Ogólnie rzecz biorąc, wykonywanie proteomiki nieukierunkowanej polega na odpowiedzi na pytanie „jakie białko lub białka znajdują się w tej próbce lub wielu próbkach?”. Ta metoda nie jest czuła jak proteomika celowana. Ale może identyfikować i mierzyć wiele białek, w tym nowe białka. Nieukierunkowana proteomika może generować zarówno pomiary ilościowe, jak i jakościowe.
Jakie są podobieństwa między proteomiką ukierunkowaną i nieukierunkowaną?
- Zarówno ukierunkowana, jak i nieukierunkowana proteomika mierzy białka w próbkach.
- Są one ważne w analizie proteomu.
- Te metody wykorzystują spektrometrię mas.
Jaka jest różnica między proteomiką ukierunkowaną a nieukierunkowaną?
Po pierwsze, ukierunkowana proteomika to określenie obecności i ilości określonego białka lub peptydu w złożonej mieszaninie białek. W przeciwieństwie do tego, nieukierunkowana proteomika to ilościowe i jakościowe badanie białek obecnych w próbce lub próbkach bez ukierunkowania na konkretne białko. Ukierunkowana proteomika jest wykonywana z wcześniej wybranymi lub ukierunkowanymi białkami, podczas gdy nieukierunkowana proteomika jest wykonywana w celu ustalenia typów białek w tej próbce. Co więcej, proteomika celowana jest bardziej czuła niż proteomika niecelowana.
Podsumowanie – Proteomika ukierunkowana kontra nieukierunkowana
Podsumowując, ukierunkowana i nieukierunkowana proteomika to dwa rodzaje badań nad białkami. Jak sugerują ich nazwy, ukierunkowana proteomika celuje w określone białko, podczas gdy niecelowana proteomika nie jest ukierunkowana na określone białko. To jest różnica między proteomiką ukierunkowaną i nieukierunkowaną.
