Kluczowa różnica między cyjanolem ksylenowym a błękitem bromofenolowym polega na tym, że w 1% żelu agarozowym, cyjanol ksylenowy migruje wolniej, podczas gdy błękit bromofenolowy migruje szybciej.
Cyjanol ksylenowy i błękit bromofenolowy są ważnymi markerami barwnymi, które można wykorzystać do monitorowania procesu elektroforezy w żelu agarozowym i elektroforezy w żelu poliakrylamidowym.
Co to jest cyjan ksylenu?
Cyjanol ksylenu jest kolorowym markerem elektroforetycznym lub barwnikiem śledzącym. Jest przydatny w monitorowaniu procesu elektroforezy w żelu agarozowym i elektroforezie w żelu poliakrylamidowym. Kiedy ta substancja jest zmieszana z próbką, jej stężenie zwykle wynosi około 0.005% do 0,03%. Niektóre synonimy, których możemy użyć dla ksylenu cyjanolu to Acid Blue 147, ksylen cyjanol, ksylen cyjanol FF, ksylen cyjanol FF, itp.
Wzór chemiczny tego związku to C25H27N2NaO 6S2 Masa molowa cyjanolu ksylenu wynosi 538,61 g/mol. Substancja ta może migrować z szybkością około 4-5 kilopar zasad fragmentów DNA w 1% żelach agarozowych. Zależy to jednak od używanego przez nas bufora. Typowo, cyjanocyjan ksylenu na 6% żelu poliakryloamidowym może migrować z prędkością około 140 par zasad fragmentów DNA. Z drugiej strony może migrować w 20% denaturującej elektroforezie w żelu poliakrylamidowym z szybkością 25 zasad oligonukleotydu.
Liczba donorów wiązań wodorowych ksylenocyjanolu wynosi 2m, a liczba akceptorów wiązań wodorowych wynosi 8. Liczbę wiązań obrotowych tego związku można podać jako 7. Złożoność cyjanolu ksylenu można opisać jako 1120 stopni. Ma zdefiniowaną liczbę stereocentrów wiązania wynoszącą 1.
Co to jest błękit bromofenolowy?
Błękit bromofenolowy jest użytecznym wskaźnikiem pH, który jest użyteczny jako marker koloru elektroforetycznego i barwnik. Ma nazwę chemiczną 3’, 3”, 5’, 5”-tetrabromofenolosulfonftaleina, BPB. Wzór chemiczny tego związku to C19H10Br4O5 S. Masa molowa tego związku wynosi 669,96 g/mol. Jest bezwonny, a jego gęstość można podać jako 2,2 g/mL. Jego temperatura topnienia wynosi 273 stopnie Celsjusza, a jego temperatura wrzenia to 279 stopni Celsjusza. Możemy go przygotować poprzez powolne dodawanie nadmiaru bromu do gorącego roztworu fenolosulfonoftaleiny w lodowatym kwasie octowym.
Błękit bromofenolowy jest użyteczny jako wskaźnik kwasowo-zasadowy w zakresie pH od 3,0 do 4,6. Jest w stanie zmienić kolor z żółtego przy pH 3,0 na pH 4,6. Co więcej, jest to reakcja odwracalna. Strukturalnie błękit bromofenolowy jest podobny do fenoloftaleiny.
Poza tym możemy go używać jako markera kolorowego do monitorowania procesu elektroforezy w żelu agarozowym i elektroforezy w żelu poliakrylamidowym. Substancja ta może przenosić ładunek ujemny w umiarkowanym pH, gdzie może migrować w tym samym kierunku co DNA lub białko w żelu. Szybkość migracji może się różnić w zależności od gęstości żelu i składu buforu. Jednak w typowym 1% żelu agarozowym w jednorazowym buforze TAE lub buforze TBE substancja ta migruje z taką samą szybkością jak fragment DNA o długości około 300 par zasad.
Jaka jest różnica między cyjanolem ksylenowym a błękitem bromofenolowym?
Cyjanol ksylenu i błękit bromofenolowy są ważnymi markerami koloru. Kluczową różnicą między ksylenocyjanolem a błękitem bromofenolowym jest to, że w 1% żelu agarozowym ksylenocyjanol migruje wolniej, podczas gdy błękit bromofenolowy migruje szybciej.
Poniżej znajduje się podsumowanie różnicy między cyjanolem ksylenowym a błękitem bromofenolowym w formie tabelarycznej do bezpośredniego porównania.
Podsumowanie – Ksylen Cyjanol kontra błękit bromofenolowy
Cyjanol ksylenowy i błękit bromofenolowy są ważnymi markerami barwnymi używanymi w monitorowaniu procesu elektroforezy w żelu agarozowym i elektroforezy w żelu poliakrylamidowym. Kluczową różnicą między cyjanolem ksylenowym a błękitem bromofenolowym jest to, że w 1% żelu agarozowym cyjanol ksylenowy migruje wolniej, podczas gdy błękit bromofenolowy migruje szybciej.
