Kluczowa różnica między sekwencją Shine Dalgarno i Kozak polega na tym, że sekwencja Shine Dalgarno jest miejscem wiązania rybosomów w bakteryjnym i archeonowym informacyjnym RNA, podczas gdy sekwencja Kozak jest miejscem inicjacji translacji białka w większości eukariotycznych RNA informacyjnym.
Shine Dalgarno i sekwencja Kozak to dwie sekwencje konsensusowe, które są bardzo ważne dla inicjacji translacji. W biologii molekularnej translacja to proces, w którym rybosomy w cytoplazmie syntetyzują białka po procesie transkrypcji. Podczas translacji mRNA (mRNA) jest dekodowany w rybosomie, aby wytworzyć specyficzny łańcuch aminokwasów poza jądrem. Zazwyczaj rybosom indukuje proces dekodowania poprzez ułatwienie wiązania komplementarnych sekwencji antykodonów tRNA z kodonami mRNA. Tłumaczenie przebiega w trzech etapach: inicjacja, elongacja i zakończenie.
Co to jest sekwencja Shine Dalgarno?
Sekwencja Shine Dalgarno jest miejscem wiązania rybosomów w bakteryjnym i archeonowym RNA informacyjnym. Zwykle znajduje się około 8 zasad powyżej kodonu start AUG. Ta sekwencja RNA pomaga w rekrutacji rybosomów do informacyjnego RNA poprzez dopasowanie rybosomu do kodonu startowego mRNA. Tym samym inicjuje syntezę białek. Po rekrutacji tRNA może dodawać aminokwasy w kolejności zgodnej z kodonami mRNA. Ta specjalna sekwencja jest powszechna u bakterii, ale rzadsza u archeonów. Ponadto występuje również w transkryptach chloroplastowych i mitochondrialnych. Sekwencja Shine Dalgarno została po raz pierwszy zaproponowana przez australijskich naukowców Johna Shine i Lynn Dalgarno. Sześciozasadowa sekwencja konsensusowa to AGGAGG. Na przykład w Escherichia coli sekwencja to AGGAGGU.
Rysunek 01: Sekwencja Shine Dalgarno
Wybór miejsca inicjacji (AUG) zależy od interakcji między podjednostką 30S rybosomu a matrycą mRNA. Region bogaty w pirymidynę na składniku 16srRNA podjednostki 30S wiąże się z bogatym w purynę regionem znanym jako sekwencja Shine Dalgarno powyżej kodonu inicjacji AUG w mRNA. Ponadto podczas tworzenia kompleksu inicjacyjnego te komplementarne sekwencje nukleotydowe parują się, tworząc dwuniciową strukturę RNA. Ułatwia to wiązanie mRNA do rybosomu w taki sposób, że kodon inicjacji jest umieszczony w miejscu P rybosomu.
Co to jest sekwencja Kozaka?
Sekwencja Kozaka jest miejscem inicjacji translacji białka w większości eukariotycznych mRNA. Ta sekwencja jest również nazywana sekwencją konsensusową Kozak. Sekwencja Kozaka jest optymalną sekwencją do inicjowania translacji u eukariontów. Ta sekwencja jest integralnym aspektem regulacji białek. Jest to również bardzo ważne dla ogólnego stanu zdrowia komórek. Pomaga poprawić translację białek z wiadomości genetycznych, pośrednicząc w montażu rybosomów i inicjacji translacji.
Rysunek 02: Sekwencja Kozaka
Ta sekwencja została nazwana na cześć naukowca, który ją odkrył, Marilyn Kozak. Odkryła to dzięki szczegółowej analizie sekwencji genomowych DNA. Sekwencja Kozaka to 5’ (gcc) gccRccAUGG-3’. Wielkie litery oznaczają konserwatywne zasady, a małe litery oznaczają wspólne zasady zmiennych. R oznacza purynę (adeninę lub guaninę), która zawsze znajduje się w tym miejscu.
Jakie są podobieństwa między Shine Dalgarno i Kozak Sequence?
- Sekwencja Shine Dalgarno i Kozak to dwie sekwencje konsensusowe, które są bardzo ważne w inicjacji translacji.
- Obie są sekwencjami RNA.
- Mniejsza podjednostka rybosomu wiąże się z obiema sekwencjami.
- Obie sekwencje pośredniczą we właściwym montażu rybosomów i inicjacji translacji.
- Są integralnymi aspektami regulacji białek i ogólnego zdrowia komórek.
Jaka jest różnica między Shine Dalgarno a sekwencją Kozaka?
Sekwencja Shine Dalgarno jest miejscem wiązania rybosomów występującym w bakteryjnym i archeonowym informacyjnym RNA, podczas gdy sekwencja Kozak jest miejscem inicjacji translacji białka w większości eukariotycznych matrycowych RNA. To jest więc kluczowa różnica między sekwencją Shine Dalgarno i Kozak. Ponadto sekwencja Shine Dalgarno to 5’AGGAGGU3’, natomiast sekwencja Kozak to 5’(gcc) gccRccAUGG-3’.
Poniższa infografika przedstawia różnice między sekwencją Shine Dalgarno i Kozak w formie tabelarycznej do porównania.
Podsumowanie – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Sekwencje Shine Dalgarno i Kozak to dwie konsensusowe sekwencje RNA, które są bardzo ważne dla składania rybosomów i inicjacji translacji. Sekwencja Shine Dalgarno jest miejscem wiązania rybosomów w informacyjnym RNA bakterii i archeonów, podczas gdy sekwencja Kozak jest miejscem inicjacji translacji białka w większości eukariotycznych matrycowych RNA. W ten sposób podsumowuje różnicę między sekwencją Shine Dalgarno i Kozak.
