Kluczowa różnica między sondami DNA i RNA polega na tym, że sondy DNA to fragmenty DNA, które są komplementarne do docelowych sekwencji nukleotydowych, podczas gdy sondy RNA to ciągi jednoniciowego RNA, które są komplementarnymi sekwencjami kwasu nukleinowego sekwencji docelowych.
Sonda to sztucznie zsyntetyzowana krótka sekwencja DNA lub RNA, która może być znakowana radioaktywnie lub cząsteczkami nieradioaktywnymi. Może mieć długość od 100 do 1000 zasad. Sondy są przydatne w wykrywaniu docelowych sekwencji nukleotydowych, które są komplementarne do sekwencji sondy. Po dodaniu sondy hybrydyzują z sekwencjami komplementarnymi lub sekwencjami docelowymi i czynią je widocznymi w celu identyfikacji sekwencji docelowych, ponieważ niosą one radioaktywność. Sondy są ważnymi narzędziami molekularnymi w wielu obszarach mikrobiologicznych i molekularnych, takich jak wykrywanie chorób genetycznych, wirusologia, patologia sądowa, badanie ojcostwa, odcisk palca DNA, RFLP, cytogenetyka molekularna, hybrydyzacja in situ itp.
Czym są sondy DNA?
Sonda DNA to jednoniciowe odcinki DNA. Mogą być stosowane do wykrywania obecności komplementarnych sekwencji kwasu nukleinowego (sekwencji docelowych) przez hybrydyzację. Po hybrydyzacji sondy DNA z sekwencją komplementarną tworzy hybrydę dwuniciową. W celu ich wykrycia sondy DNA są na ogół znakowane radioizotopami, biotyną, epitopami lub fluoroforami. Sondy DNA znakowane biotyną można wykryć za pomocą fosfatazy alkalicznej znakowanej streptawidyną za pomocą szeregu metod enzymatycznych i chemicznych.
Rysunek 01: Sonda DNA
Sekwencja nukleotydowa sondy DNA jest znana. Są to krótkie sekwencje o długości od 100 do 1000 par zasad. Długie sondy DNA można generować za pomocą technologii rekombinacji DNA. Mogą być również generowane przez PCR i klonowanie. W laboratoriach mikrobiologii klinicznej sondy DNA są łatwo dostępne do szybkiej diagnozy chorób zakaźnych.
Co to są sondy RNA?
Sonda RNA to jednoniciowe odcinki RNA. Są to sekwencje komplementarne do sekwencji docelowych w próbce. Są one powszechnie syntetyzowane z polimerazami RNA z bakteriofagów SP6, T7 lub T3 przez transkrypcję DNA in vitro. Sondy o długim RNA mogą być generowane przez transkrypcję in vitro z linearyzowanego plazmidowego DNA. Ogólnie sondy RNA wiążą się silniej i ściślej ze swoimi sekwencjami komplementarnymi niż sondy DNA. Podobnie jak sondy DNA, sondy RNA również mogą być znakowane podczas transkrypcji.
Jakie są podobieństwa między sondami DNA i RNA?
- Zarówno sondy DNA, jak i RNA są jednoniciowymi sekwencjami nukleotydowymi.
- Oba są sztucznie zaprojektowane i zsyntetyzowane.
- Ponadto mogą być znakowane radioizotopami, epitopami, biotyną lub fluoroforami.
- Mają silne powinowactwo do określonej sekwencji docelowej DNA lub RNA.
- Są używane w różnych technikach blottingu i hybrydyzacji in situ do wykrywania docelowych sekwencji kwasu nukleinowego.
- Oba typy sond można hybrydyzować z ich sekwencjami komplementarnymi.
- Są one również wykorzystywane do identyfikacji mikroorganizmów i diagnozy chorób zakaźnych, dziedzicznych i innych.
Jaka jest różnica między sondami DNA i RNA?
Sonda DNA to krótki odcinek DNA, który jest komplementarny do sekwencji docelowej. Z drugiej strony sonda RNA to krótki jednoniciowy odcinek RNA komplementarny do sekwencji docelowej. Jest to więc kluczowa różnica między sondami DNA i RNA. Ponadto sondy DNA zawierają A, T, C i G, podczas gdy sondy RNA zawierają A, U, C i G.
Ponadto kolejną różnicą między sondami DNA i RNA jest ich stabilność termodynamiczna. Sondy RNA wykazują większą stabilność termodynamiczną w porównaniu z sondami DNA.
Poniższa infografika przedstawia ważne różnice między sondami DNA i RNA.
Podsumowanie – sondy DNA kontra RNA
Sonda to mały fragment DNA lub RNA używany do wykrywania obecności określonej sekwencji w próbce DNA lub RNA przez hybrydyzację molekularną. Sondy DNA są krótkimi jednoniciowymi fragmentami DNA, podczas gdy sondy RNA są krótkimi jednoniciowymi sekwencjami RNA. Są to znane sekwencje. Stabilność termodynamiczna jest większa w sondach RNA niż sondach DNA. Sondy RNA wiążą się ściśle ze swoimi komplementarnymi sekwencjami niż sondy DNA. W ten sposób podsumowuje różnicę między sondami DNA i RNA.
