Kluczowa różnica między BLAST i FastA polega na tym, że BLAST jest podstawowym narzędziem do dopasowywania dostępnym na stronie internetowej Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej, podczas gdy FastA jest narzędziem do wyszukiwania podobieństw dostępnym na stronie Europejskiego Instytutu Bioinformatyki.
BLAST i FastA to dwa programy, które są szeroko stosowane do porównywania biologicznych sekwencji DNA, aminokwasów, białek i nukleotydów różnych gatunków i szukania ich podobieństw. Te algorytmy zostały napisane z myślą o szybkości. Ponieważ kiedy naukowcom udało się wyizolować DNA w laboratorium w połowie lat 80., pojawiła się potrzeba porównania i znalezienia identycznych genów do dalszych badań w szybkim tempie. Dlatego te dwa programy zostały opracowane w taki sposób, aby użytkownik mógł szybko wyszukiwać podobne sekwencje za pomocą sekwencji zapytań.
BLAST jest akronimem od Basic Local Alignment Search Tool i wykorzystuje lokalne podejście do porównywania dwóch sekwencji. FastA to oprogramowanie odnoszące się do Fast A, gdzie A oznacza wszystko. Tutaj oprogramowanie działa z alfabetami takimi jak Fast A dla sekwencjonowania DNA i Fast P dla białka. Zarówno BLAST, jak i FastA są bardzo szybkie w porównywaniu dowolnej bazy danych genomu i dlatego są bardzo opłacalne pod względem finansowym, a także oszczędzającym czas.
Co to jest BLAST?
BLAST to jedno z najczęściej używanych programów bioinformatycznych, które zostało opracowane w 1990 roku. Od tego czasu jest dostępne dla wszystkich na stronie NCBI. Ponadto każda osoba może uzyskać dostęp do tego oprogramowania i z niego korzystać. Ponadto BLAST to oprogramowanie, które wymaga danych wejściowych lub sekwencji w formacie FastA. Ale daje dane wyjściowe w formacie zwykłego tekstu, HTML lub XML. BLAST działa na zasadzie wyszukiwania zlokalizowanych podobieństw między dwiema sekwencjami i krótkiej listy podobnych sekwencji, a następnie wyszukuje podobieństwa sąsiedztwa.
Rysunek 01: Wyniki BLAST
Zatem to oprogramowanie wyszukuje dużą liczbę podobnych regionów lokalnych i podaje wynik po osiągnięciu wartości progowej. Jednak ten proces różni się od wcześniejszego oprogramowania, które najpierw przeszukuje całą sekwencję, a następnie dokonuje porównania, a co za tym idzie, zajmuje dużo czasu.
Oprócz powyższego sprawdzania podobieństwa, BLAST ma wiele innych zastosowań, takich jak mapowanie DNA, porównywanie dwóch identycznych genów w różnych gatunkach, tworzenie drzewa filogenetycznego itp.
Co to jest FastA?
FastA to oprogramowanie do dopasowywania sekwencji białek. David J. Lipman i William R. Pearson opisali to oprogramowanie w 1985 roku. Chociaż początkowe użycie tego oprogramowania polegało na porównaniu tylko sekwencji białek, jego zmodyfikowana wersja była również w stanie porównać sekwencje DNA. Tutaj oprogramowanie to wykorzystuje zasadę statystycznego znajdowania podobieństwa między dwiema sekwencjami. Dopasowuje jedną sekwencję DNA lub białka do innej sekwencji metodą lokalnego dopasowania sekwencji.
Rysunek 02: FastA
Jednakże wyszukuje lokalne regiony pod kątem podobieństwa, ale nie najlepszego dopasowania między dwiema sekwencjami. Ponieważ to oprogramowanie porównuje czasami zlokalizowane podobieństwa, może również wystąpić niedopasowania. W sekwencji FastA zajmuje niewielką część znaną jako k-krotki, gdzie krotki mogą mieć od 1 do 6 i dopasowują się do k-krotek drugiej sekwencji. Pod koniec procesu dopasowywania, gdy osiągnie wartość progową, generuje wynik.
Jakie są podobieństwa między BLAST i FastA?
- BLAST i FastA to narzędzia bioinformatyczne używane do porównywania sekwencji białek i DNA pod kątem podobieństw.
- Ponadto, oba programy używają strategii punktacji, aby dokonać porównań między sekwencjami.
- Ponadto oba narzędzia dają bardzo dokładne wyniki.
Jaka jest różnica między BLAST a FastA?
BLAST to narzędzie do sprawdzania podobieństwa między sekwencjami biologicznymi. Z drugiej strony FastA to kolejny program, który ułatwia sprawdzanie podobieństwa sekwencji białek i DNA. Jednak w porównaniu do FastA, oprogramowanie BLAST jest bardzo popularne, ponieważ daje dokładniejsze i szybsze wyniki. Na tym polega różnica między BLAST i FastA. Ponadto, w przeciwieństwie do FastA, program BLAST można modyfikować w zależności od potrzeb użytkownika. Dlatego jest to kolejna różnica między BLAST i FastA.
Poniższa infografika na temat różnicy między BLAST i FastA zawiera więcej szczegółów.
Podsumowanie – BLAST vs FastA
BLAST i FastA to dwa programy, które pozwalają użytkownikowi porównać sekwencję zapytań z sekwencjami w istniejących bazach danych i sprawdzić podobieństwa. Początkowym celem FastA było porównanie tylko sekwencji białkowych. Jednak zmodyfikowana wersja tego oprogramowania ułatwia porównywanie sekwencji białek i DNA. Chociaż FastA jest dobrym oprogramowaniem, większość ludzi korzysta z narzędzia do wyrównywania BLAST, ponieważ jest ono bardziej popularne i daje dokładniejsze i szybsze wyniki niż FastA. Ponadto narzędzie BLAST można modyfikować zgodnie z wymaganiami użytkownika. W skrócie, to podsumowuje różnicę między BLAST i FastA.
