Kluczowa różnica między FASTA i FASTQ polega na tym, że FASTA jest formatem tekstowym, który przechowuje tylko sekwencje nukleotydowe lub białkowe, podczas gdy FASTQ jest formatem tekstowym, który przechowuje zarówno sekwencję, jak i powiązane wartości jakości sekwencji.
Bioinformatyka to dziedzina, która wykorzystuje różne oprogramowanie do analizowania i rozumienia danych biologicznych, zwłaszcza gdy zestaw danych jest złożony i duży. Dziedzina ta łączy biologię, chemię, fizykę, informatykę, inżynierię informacyjną, matematykę i statystykę w celu analizy i interpretacji danych biologicznych. FASTA i FASTQ to dwa formaty reprezentacji sekwencji w dziedzinie bioinformatyki, służące do dopasowywania i analizowania sekwencji. W rzeczywistości FASTQ to format pliku sekwencji, który rozszerza format FASTA o możliwość przechowywania jakości sekwencji.
Co to jest FASTA?
FASTA to oprogramowanie do dopasowywania sekwencji DNA i białek. Oprogramowanie FASTA wykorzystuje format FASTA. Jest to format tekstowy, który reprezentuje sekwencje nukleotydów lub sekwencje aminokwasów (białek). Tutaj kody jednoliterowe reprezentują obie te sekwencje. FASTA jest ważnym narzędziem w dziedzinie bioinformatyki i biochemii. Ten format pozwala, aby nazwy sekwencji i komentarze poprzedzały sekwencje.
Rysunek 01: Sekwencja FASTA
Ten format wywodzi się z oprogramowania FASTA i został wprowadzony przez Davida J. Lipmanna i Williama R. Pearsona w 1985 roku. Narzędzie FASTA z czasem uległo wielu modyfikacjom, a najnowsza wersja składa się z programów do obsługi białek:białek, DNA:DNA, białko:translowane DNA (z przesunięciami ramki) i uporządkowane lub nieuporządkowane przeszukiwanie peptydów. FASTA odczytuje daną sekwencję nukleotydową lub aminokwasową i szuka odpowiedniej bazy danych sekwencji przy użyciu lokalnego dopasowania sekwencji, aby znaleźć dopasowania podobnych sekwencji w bazie danych.
Co to jest FASTQ?
FASTQ to oprogramowanie do dopasowywania stosowane w dziedzinie bioinformatyki, które przechowuje zarówno sekwencję biologiczną (zwykle sekwencję nukleotydową), jak i odpowiadające jej wyniki jakości. FASTQ został pierwotnie opracowany przez Wellcome Trust Sanger Institute w celu połączenia sformatowanej sekwencji FASTA i powiązanych danych dotyczących jakości. Wraz z rozwojem w dziedzinie bioinformatyki, FASTQ stał się de facto standardem przechowywania danych wyjściowych wielu wysokowydajnych instrumentów sekwencjonowania.
Format FASTQ wykorzystuje cztery różne linie na sekwencję. Linia 1 zaczyna się znakiem @ i następuje po nim identyfikator sekwencji (podobny do linii tytułowej FASTA). Linia 2 składa się z nieprzetworzonych liter sekwencji. W linii 3 sekwencja zaczyna się od znaku „+” i opcjonalnie następuje po nim ten sam identyfikator sekwencji. Linia 4 koduje wartości jakości dla sekwencji w linii 2 i powinna składać się z takiej samej liczby symboli jak litery w sekwencji.
Jakie są podobieństwa między FASTA i FASTQ?
- FASTA i FASTQ to narzędzia do wyrównywania.
- Są to dwa formaty reprezentacji sekwencji.
- Oba są związane z dziedziną bioinformatyki.
- Zarówno FAST, jak i FASTQ są ważnymi narzędziami do przechowywania i sekwencjonowania.
- FASTQ to rozszerzenie formatu FASTA z możliwością przechowywania jakości sekwencji.
Jaka jest różnica między FASTA a FASTQ?
FASTA to format tekstowy, który przechowuje tylko sekwencje nukleotydowe lub białkowe, podczas gdy FASTQ to format tekstowy, który przechowuje zarówno sekwencje, jak i powiązane wartości jakości sekwencji. Jest to więc kluczowa różnica między FASTA a FASTQ. Co więcej, FASTA przechowuje fragmenty sekwencji po zmapowaniu, podczas gdy FASTQ przechowuje fragmenty sekwencji przed mapowaniem. Poza tym kolejna różnica między FASTA i FASTQ polega na tym, że FASTA składa się z jednej linii opisu, a FASTAQ składa się z czterech linii.
Poniższa infografika przedstawia różnice między FASTA i FASTQ w formie tabelarycznej do bezpośredniego porównania.
Podsumowanie – FASTA vs FASTQ
Bioinformatyka wykorzystuje różne formaty sekwencji, takie jak FASTA i FASTQ itp. FASTA przechowuje fragmenty sekwencji po zmapowaniu, podczas gdy FASTQ przechowuje fragmenty sekwencji przed mapowaniem. FASTA to oprogramowanie do dopasowywania sekwencji DNA i białek. Składa się z programów do wyszukiwania białka:białko, DNA:DNA, białka:przetłumaczonego DNA (z przesunięciami ramki) oraz uporządkowanych lub nieuporządkowanych przeszukiwań peptydów. FASTQ to oprogramowanie do dopasowywania stosowane w dziedzinie bioinformatyki, które przechowuje zarówno sekwencję biologiczną (zwykle sekwencję nukleotydową), jak i odpowiadające jej wyniki jakości. FASTA składa się z jednej linii opisu, a FASTQ składa się z czterech linii. To podsumowuje różnicę między FASTA i FASTQ.
