Kluczowa różnica między QTL a GWAS polega na rodzaju sekwencji użytych w analizie. QTL wykorzystuje loci genu sprzężenia do analizy cech fenotypowych związanych z dziedziczeniem poligenicznym, podczas gdy GWAS wykorzystuje sekwencje całego genomu do analizy polimorfizmów pojedynczego nukleotydu określonego stanu.
Mapy QTL i GWAS odgrywają ważną rolę w analizach genetycznych różnych cech. Ponadto są ważne w analizie różnych stanów chorobowych o nieznanej etiologii. Ponadto sekwencjonowanie odgrywa kluczową rolę w obu technikach. Techniki te można ponadto łączyć z innymi technikami o wysokiej przepustowości w celu zwiększenia dokładności i precyzji.
Co to jest QTL?
QTL oznacza locus cech ilościowych. Jest to region DNA związany z cechą fenotypową. Generalnie QTL powoduje efekty poligeniczne. Rozkład QTL jest różny, a liczba QTL sugeruje stopień zmienności określonej cechy fenotypowej. Co więcej, zazwyczaj kodują podstawowe cechy ciągłe, a nie dyskretne.
Po identyfikacji regionów QTL ważne jest sekwencjonowanie określonego obszaru QTL. Ponadto, aby ułatwić prowadzenie badań i badań, sekwencjonowanie i przechowywanie danych sekwencyjnych wspólnych regionów QTL odbywa się z udziałem bioinformatyki. Nazywamy tę technikę mapowaniem QTL. Następnie tworzona jest baza danych z sekwencjami regionu QTL.
Rysunek 01: Skanowanie QTL
Ponadto, zastosowania sekwencji QTL opierają się głównie na narzędziu BLAST, w którym można określić podobieństwo sekwencji. Jest to ważne w dedukowaniu relacji między organizmami. Ponadto jest to ważne przy określaniu złożoności konkretnego fenotypu poligenicznego. Określa również ewolucję określonej cechy.
Obecnie analiza QTL jest połączona z innymi technikami o wysokiej przepustowości, takimi jak mikromacierze DNA. Jest to ważne w analizie ekspresji fenotypu. Obecnie naukowcy są bardzo zainteresowani rozwojem bazy danych QTL, ponieważ regiony QTL są odpowiedzialne za wiele ważnych cech różnych gatunków.
Co to jest GWAS?
GWAS to skrót od Genome Wide Association Study. Odnosi się również do badań asocjacyjnych całego genomu. Badania te skupiają się głównie na badaniach obserwacyjnych. Analizuje warianty genetyczne różnych osobników zwykle związane z określoną cechą. Ponadto cały genom jest ważny dla analizy GWAS.
Rysunek 02: GWAS
GWAS jest ważnym narzędziem w analizie polimorfizmów pojedynczego nukleotydu związanych z różnymi stanami chorobowymi. Jest to również badanie porównawcze różnych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w szerokiej populacji. Ponadto próba badawcza GWAS jest bardzo wysoka; w związku z tym przyjmuje również format przekrojowego badania kohortowego.
Ponadto pierwsze badanie GWAS miało miejsce w odniesieniu do zawału mięśnia sercowego i analizy genów związanych z zawałem mięśnia sercowego. Obecnie GWAS odgrywa ważną rolę w określaniu podłoża genetycznego złożonych chorób o nieznanej etiologii.
Jakie są podobieństwa między QTL a GWAS?
- Opierają się na danych o sekwencjach DNA do analizy.
- Oba są związane z genetycznym pochodzeniem różnych postaci.
- Ponadto wymagają narzędzi bioinformatycznych, aby wywnioskować i zinterpretować wyniki.
- Są wykonywane na dużych populacjach.
Jaka jest różnica między QTL a GWAS?
QTL analizuje cechy fenotypowe związane z dziedziczeniem poligenicznym przy użyciu powiązanych loci genów, podczas gdy GWAS analizuje polimorfizmy pojedynczych nukleotydów określonego stanu przy użyciu sekwencji całego genomu. Jest to więc kluczowa różnica między QTL a GWAS. Mapowanie QTL jest stosunkowo mniej skomplikowaną techniką niż GWAS, ponieważ wymaga sekwencjonowania całego genomu.
Poniższa infografika podsumowuje różnicę między QTL a GWAS w formie tabelarycznej.
Podsumowanie – QTL vs GWAS
Mapowanie QTL i GWAS odgrywają ważną rolę w określaniu tła genetycznego różnych cech fenotypowych. Pomagają również w analizie tła genetycznego różnych chorób. Mapowanie QTL mapuje geny sprzężenia odpowiedzialne za ciągłe cechy, a także obejmuje mapowanie genów dziedziczenia poligenicznego. Z drugiej strony GWAS polega na analizie całego genomu pod kątem polimorfizmów pojedynczego nukleotydu. Ponadto ma to miejsce w większej populacji. Oto podsumowanie różnicy między QTL a GWAS.
