Kluczowa różnica między genami kandydującymi a GWAS polega na tym, że podejście do genów kandydujących bada zmienność genetyczną w obrębie niewielkiej liczby wcześniej określonych genów będących przedmiotem zainteresowania, podczas gdy GWAS bada cały genom pod kątem wspólnej zmienności genetycznej stojącej za konkretnym stanem chorobowym.
Podejście genów kandydatów i badania asocjacyjne całego genomu (GWAS) to dwie metody, które są ważne w wykrywaniu genetycznej podatności na choroby. Podejście do genów kandydujących opiera się na wstępnie określonej małej liczbie genów, podczas gdy GWAS opiera się na testowaniu całego genomu. Dlatego podejście do genów kandydujących wymaga wcześniejszej znajomości genów mających znaczenie dla choroby, w przeciwieństwie do GWAS.
Co to jest gen kandydata?
Podejście genów kandydujących jest jedną z technik, które badają związek między zmiennością genetyczną w ramach wcześniej określonych genów będących przedmiotem zainteresowania a fenotypami lub stanami chorobowymi. W tym podejściu konieczna jest wcześniejsza wiedza na temat biologicznego wpływu funkcjonalnego genu na daną cechę lub chorobę. W oparciu o tę wiedzę, niewielka liczba genów jest wybierana i analizowana pod kątem zmienności genetycznej.
Rysunek 01: Podejście genów kandydata
Wybór genów jest dokonywany na podstawie biologicznego, fizjologicznego i funkcjonalnego znaczenia dla danej choroby w tym podejściu. Takie podejście jest często projektowane jako badanie kliniczno-kontrolne.
Co to jest GWAS?
GWAS to skrót od Genome-Wide Association Study. Odnosi się również do badań asocjacyjnych całego genomu. Badania te skupiają się głównie na badaniach obserwacyjnych. Analizują warianty genetyczne różnych osobników zwykle związane z określoną cechą. Cały genom jest ważny dla analizy GWAS.
GWAS jest ważnym narzędziem w analizie polimorfizmów pojedynczego nukleotydu związanych z różnymi stanami chorobowymi. Jest to badanie porównawcze różnych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu w szerokiej populacji. Próba badawcza GWAS jest bardzo wysoka; w związku z tym przyjmuje również format przekrojowego badania kohortowego.
Rysunek 02: GWAS
Pierwsze badanie GWAS miało miejsce w odniesieniu do zawału mięśnia sercowego i analizy genów związanych z zawałem mięśnia sercowego. Obecnie GWAS odgrywa ważną rolę w określaniu podłoża genetycznego złożonych chorób o nieznanej etiologii.
Jakie są podobieństwa między genem kandydata a GWAS?
- Zarówno podejście do genów kandydujących, jak i GWAS to techniki analizujące związek genetyczny między genotypem a fenotypem choroby.
- Oba podejścia pomagają zrozumieć genetyczne podstawy podatności na choroby.
Jaka jest różnica między genem kandydata a GWAS?
Podejście do genów kandydujących opiera się na genach kandydujących lub predefiniowanych genach, podczas gdy GWAS opiera się na całym genomie. Jest to więc kluczowa różnica między genem kandydującym a GWAS. Również w podejściu do genów kandydujących, selekcja genów jest konieczna, podczas gdy nie jest potrzebna w GWAS.
Ponadto podejście do genów kandydujących wymaga wcześniejszej wiedzy na temat genów istotnych dla choroby, podczas gdy nie jest to konieczne w przypadku GWAS.
Poniższa infografika przedstawia bardziej szczegółowe porównanie związane z różnicą między genem kandydującym a GWAS.
Podsumowanie – gen kandydata kontra GWAS
Gen kandydata i GWAS to dwa badania asocjacji genów. Podejście oparte na genach kandydujących koncentruje się na zmienności genetycznej związanej z chorobą w obrębie niewielkiej liczby wcześniej określonych genów. Natomiast GWAS bada zmienność genetyczną związaną z chorobą w całym genomie. Jest to więc kluczowa różnica między genem kandydującym a GWAS. Obie metody są ważne dla zrozumienia genetycznych podstaw podatności na choroby.
