Kluczowa różnica między CGH a CGH macierzową polega na tym, że CGH jest tradycyjną metodą cytogenetyki molekularnej do analizy zmienności liczby kopii w DNA próbki testowej, która ma niższą rozdzielczość, podczas gdy CGH macierzowa jest w pełni zautomatyzowaną metodą cytogenetyki molekularnej analizowanie zmienności liczby kopii w DNA próbki testowej o wyższej rozdzielczości.
CGH i CGH macierzowe to dwie techniki wykrywania zmian liczby kopii u poszczególnych osób. Zmienność liczby kopii odnosi się do powtarzających się odcinków genomu. Liczba kopii różni się w zależności od osoby. Zmienność liczby kopii jest ogólnie podzielona na dwie grupy: krótkie powtórzenia i długie powtórzenia. Jednym z najbardziej znanych przykładów zmienności liczby krótkich kopii jest powtórzenie trinukleotydu CAG w genie huntingtyny. Powoduje to zaburzenie neurologiczne zwane huntingtyną. Najlepszym przykładem zmienności liczby kopii o długich powtórzeniach jest gen alfa-amylazy, który powoduje insulinooporność. Zmienność liczby kopii można wykryć za pomocą technik, takich jak FISH, CGH i tablica CGH.
Co to jest CGH?
CGH to tradycyjna molekularna metoda cytogenetyczna służąca do analizy zmienności liczby kopii DNA próbki testowej w porównaniu z próbką referencyjną. Ma niższą rozdzielczość w porównaniu z technikami automatycznymi. Celem tej techniki jest szybkie i efektywne porównanie dwóch próbek genomowego DNA, które pochodzą z różnych źródeł.
Rysunek 01: CGH
Procedura obejmuje izolację DNA z dwóch źródeł: testowego i referencyjnego. Kolejnym krokiem jest samodzielne znakowanie testowych i referencyjnych próbek DNA fluoroforami o różnych kolorach. Później dwie próbki DNA zostały zdenaturowane w celu uzyskania jednoniciowych próbek DNA. Na koniec przeprowadzono hybrydyzację dwóch otrzymanych próbek DNA w stosunku 1:1 do normalnego rozprzestrzeniania się chromosomów w metafazie. Różnice chromosomalne można zidentyfikować między dwoma źródłami za pomocą mikroskopu fluorescencyjnego i oprogramowania komputerowego. Co więcej, technika CGH jest w stanie wykryć jedynie niezrównoważone nieprawidłowości chromosomalne.
Co to jest Array CGH?
Array CGH to w pełni zautomatyzowana molekularna metoda cytogenetyczna służąca do analizy zmienności liczby kopii DNA próbki testowej w porównaniu z próbką referencyjną. Ma wyższą rozdzielczość i został opracowany w celu zminimalizowania ograniczeń tradycyjnego CGH. Array CGH łączy zasady CGH z wykorzystaniem mikromacierzy. Zamiast stosowania rozprzestrzeniania się chromosomów metafazowych, metoda ta wykorzystuje slajdy ułożone z małymi segmentami DNA jako celami. Te mikromacierze wykonano przez osadzenie i unieruchomienie niewielkiej ilości DNA (sond) na stałym podłożu szklanym. Rozmiar sond może być różny, od oligonukleotydu do sztucznego chromosomu bakteryjnego.
Rysunek 02: Tablica CGH
Niezależnie od sond, podstawowa metoda tablicy CGH jest podobna do CGH. Po przygotowaniu sond zawierających mikromacierz dwie próbki DNA (testowa i referencyjna) znakowane fluoroforami o różnych kolorach miesza się ze sobą i dodaje do mikromacierzy. Ponieważ DNA w próbkach jest jednoniciowe z powodu denaturacji, to DNA hybrydyzuje z ułożonymi jednoniciowymi sondami. Za pomocą cyfrowego systemu obrazowania można zidentyfikować różnice chromosomalne między dwoma źródłami.
Jakie są podobieństwa między CGH i Array CGH?
- CGH i CGH macierzowe to dwie techniki wykrywania zmian liczby kopii.
- Są to molekularne metody cytogenetyczne.
- Obie metody diagnozują niezrównoważone nieprawidłowości chromosomalne.
- Fluorofory są zaangażowane w obie metody.
- Obie metody mogą być użyte do wykrywania zaburzeń genetycznych spowodowanych zmianami liczby kopii.
- Są szeroko stosowane w porównawczej analizie genomicznej.
Jaka jest różnica między CGH a tablicowym CGH?
CGH to tradycyjna molekularna metoda cytogenetyczna służąca do analizy zmienności liczby kopii DNA próbki testowej, która ma niższą rozdzielczość, podczas gdy macierzowe CGH to w pełni zautomatyzowana molekularna metoda cytogenetyczna do analizy zmienności liczby kopii DNA próbki testowej który ma wyższą rozdzielczość. Jest to więc kluczowa różnica między CGH a CGH macierzy. Ponadto, w CGH, próbki testowego i referencyjnego DNA hybrydyzują z normalnym rozproszeniem chromosomów w metafazie, ale w macierzowej CGH, testowane i referencyjne próbki DNA hybrydyzują z unieruchomionymi sondami DNA zawierającymi mikromacierz.
Poniższa infografika przedstawia różnice między CGH a tablicą CGH w formie tabelarycznej do bezpośredniego porównania.
Podsumowanie – CGH kontra CGH tablicy
CGH i CGH macierzowe to dwie molekularne techniki cytogenetyczne służące do wykrywania niezrównoważonych nieprawidłowości chromosomalnych. Są szeroko stosowane w porównawczej analizie genomicznej. CGH to tradycyjna molekularna metoda cytogenetyczna służąca do analizy zmienności liczby kopii DNA próbki testowej o niższej rozdzielczości. Natomiast macierz CGH jest w pełni zautomatyzowaną metodą cytogenetyki molekularnej do analizy zmienności liczby kopii DNA próbki testowej o wyższej rozdzielczości. W ten sposób podsumowuje różnicę między CGH a macierzą CGH.
