Kluczowa różnica między dNTP i ddNTP polega na tym, że dNTP lub deoksyrybonukleotydy są elementami budulcowymi DNA i mają grupę 3ʹ-OH w strukturze cukru pentozowego, podczas gdy ddNTP lub trifosforany dideoksynukleozydów są nukleotydami bez grupy 3ʹ-OH i są używane w technice sekwencjonowania Sanger dideoxy DNA w celu wytworzenia sekwencji DNA o różnej długości.
dNTP i ddNTP to nukleotydy. dNTP odnosi się do nukleotydów dezoksyrybozy. Są budulcem DNA. dNTP są wykorzystywane do syntezy DNA. Z drugiej strony dNTP odnosi się do trifosforanów dideoksynukleozydów. Są używane w sekwencjonowaniu Sangera do zakończenia syntezy DNA na różnych długościach. Brakuje im grupy OH na pozycji 3ʹ. Wodór jest obecny w pozycji 3' zamiast grupy OH. Dlatego ddNTP nie są w stanie utworzyć wiązania fosfodiestrowego z następnym nukleotydem. dNTP jest zdolny do przeprowadzenia syntezy DNA, podczas gdy ddNTP jest zdolny do zakończenia polimeryzacji DNA.
Co to jest dNTP?
dNTP oznacza nukleotyd dezoksyrybozy lub dezoksyrybonukleotyd. Jest budulcem DNA. Istnieją cztery typy dNTP. Są to dATP, dTTP, dCTP i dGTP. Nazywa się je zgodnie z purynowymi lub pirymidynowymi zasadami azotowymi: adenina (A), guanina (G), tymina (T) i cytozyna (C).
Rysunek 01: dNTP
Adenina i guanina to zasady purynowe, a tymina i cytozyna to zasady pirymidynowe. Cukrem pentozowym dNTP jest dezoksyryboza. Istnieje również grupa fosforanowa. Dlatego dNTP składa się z trzech składników: zasady azotowej, cukru dezoksyrybozy i grupy fosforanowej. Te dNTP łączą się ze sobą poprzez wiązania fosfodiestrowe. W dNTP istnieje grupa OH przyłączona do pozycji 3' cukru pentozowego, która jest wymagana do utworzenia połączenia z grupą fosforanową przyłączoną do węgla 5' cukru następnego nukleotydu. Ponieważ wszystkie dNTP mają tę grupę 3'-OH, są zdolne do syntetyzowania i wydłużania nici DNA. W związku z tym dNTP działa jako podstawowa powtarzająca się jednostka DNA i substancji chemicznej genów. Synteza DNA zawsze przebiega od 5ʹ do 3ʹ.
Co to jest DdNTP?
Sekwencjonowanie Sangera to metoda sekwencjonowania DNA pierwszej generacji opracowana przez Fredericka Sangera i jego uczelnie w 1977 roku. Jest również znana jako sekwencjonowanie łańcuchowe lub sekwencjonowanie dideoksy, ponieważ podstawową zasadą tej metody jest zakończenie łańcucha przy użyciu trifosforanów dideoksynukleozydów (ddNTP). ddNTP to nukleotydy używane w sekwencjonowaniu metodą Sangera. Sekwencjonowanie Sangera opiera się na selektywnej inkorporacji ddNTP i zakończeniu syntezy DNA podczas replikacji DNA in vitro. Specjalnością ddNTP jest to, że brakuje im grupy 3'-OH na cukrze pentozowym, aby kontynuować tworzenie wiązania fosfodiestrowego między grupą fosforanową 5' w sąsiednim nukleotydzie. W związku z tym, gdy ddNTP jest przyłączone do rozciągającej się nici, wydłużanie łańcucha ustaje i kończy się od tego punktu. ddNTP działają jako inhibitory wydłużania łańcucha polimerazy DNA podczas metody sekwencjonowania Sangera.
Rysunek 02: ddNTP
Istnieją cztery ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP i ddTTP używane w sekwencjonowaniu Sangera. Te nukleotydy zatrzymują proces replikacji DNA, gdy zostaną włączone do rosnącej nici DNA. W rezultacie sekwencjonowanie Sangera daje różne długości krótkiego DNA. Elektroforeza w żelu kapilarnym służy do uporządkowania tych krótkich nici DNA według ich rozmiarów na żelu. ddNTP są znakowane radioaktywnie lub fluorescencyjnie różnymi kolorami, aby ułatwić analizę sekwencji DNA. Analizując żel, można określić sekwencję nukleotydową nieznanej nici DNA.
Jakie są podobieństwa między dNTP i DdNTP?
- W sekwencjonowaniu Sangera używane są zarówno dNTP, jak i ddNTP.
- Istnieją cztery typy dNTP i ddNTP.
- Składają się z trzech składników: bazy azotowej, cukru dezoksyrybozy i grup fosforanowych.
Jaka jest różnica między dNTP a DdNTP?
dNTP to jeden z czterech typów dezoksyrybonukleotydów, które są budulcem DNA. ddNTP jest jednym z czterech rodzajów trifosforanów dideoksyrybonukleozydów stosowanych w technice sekwencjonowania Sangera. dNTP ma grupę 3'-OH na cukrze pentozowym, podczas gdy ddNTP nie ma grupy 3'-OH na cukrze pentozowym. Jest to więc kluczowa różnica między dNTP a ddNTP. Ponadto dNTP przeprowadzają polimeryzację DNA, podczas gdy ddNTP kończą polimeryzację DNA. Dlatego jest to kolejna główna różnica między dNTP i ddNTP.
Poniższa infografika przedstawia różnice między dNTP i ddNTP w formie tabelarycznej.
Podsumowanie – dNTP kontra DdNTP
Normalne dNTP są budulcem DNA, podczas gdy ddNTP są nukleotydami używanymi w technice sekwencjonowania Sangera. dNTP ma 3'-OH, podczas gdy ddNTP nie ma 3'-OH. Jest to więc kluczowa różnica między dNTP a ddNTP. Co więcej, dNTP może syntetyzować nić DNA, podczas gdy ddNTP może zakończyć polimeryzację DNA. Dlatego ddNTP są wykorzystywane w sekwencjonowaniu Sangera w celu wytworzenia różnych nici DNA o różnej długości. Podczas sekwencjonowania Sangera uwzględniane są zarówno dNTP, jak i ddNTP.
