Kluczowa różnica między CDS a ORF polega na tym, że CDS jest tą rzeczywistą sekwencją nukleotydową genu, która ulega translacji na białko, podczas gdy ORF to odcinek sekwencji DNA, który zaczyna się od miejsca inicjacji translacji (kodon startowy) i kończy się strona zakończenia tłumaczenia (kodon stop).
Gen ma sekwencję kodującą (CDS). Składa się z całkowitej liczby egzonów genu oraz kodonu start i kodonu stop. Jest to rzeczywista część genu, która tłumaczy i wytwarza białko. Otwarta ramka odczytu lub ORF to sekwencja nukleotydowa zlokalizowana pomiędzy kodonem start i kodonem stop. W ORF nie ma kodonu stop, który zakłóca kod genetyczny, który przekłada się na białko. U prokariontów CDS i ORF genu są takie same.
Co to jest CDS?
CDS lub sekwencja kodująca to część genu, która faktycznie przekłada się na białko. Składa się z eksonów i dwóch kodonów znanych jako kodon AUG i kodon stop. CDS nie zawiera dwóch regionów UnTranslated: 5’ UTR i 3” UTR. Co więcej, introny nie są zawarte w CDS.
Rysunek 01: Sekwencja kodowania
W porównaniu z całym genomem osobnika sekwencje kodujące stanowią niewielką część. Sekwencja kodująca składa się z niezbędnej sekwencji nukleotydowej do utworzenia sekwencji aminokwasowej białka. Dlatego CDS są skoncentrowanymi eksonami, które można podzielić na tryplety nukleotydowe lub kodony. Kodony dają początek aminokwasom.
Co to jest ORF?
Otwarta ramka odczytu lub ORF to ciągły odcinek sekwencji nukleotydowej, który zaczyna się kodonem start i kończy kodonem stop. W prostych słowach ORF odnosi się do regionu sekwencji nukleotydowej znajdującej się między kodonami start i stop. W międzyczasie nie ma kodonu stop przerywającego ORF. Sekwencja nukleotydów pomiędzy kodonem start i stop koduje aminokwasy. Ogólnie kodon start to ATG, a kodony stop to TAG, TAA i TGA. ORF daje funkcjonalne białko po transkrypcji i translacji. W związku z tym ORF zawiera kodon start, kilka kodonów w regionie środkowym i kodon stop. Co ciekawe, ORF ma długość, którą można podzielić przez trzy.
Rysunek 02: Otwórz ramkę odczytu
U prokariontów, ponieważ nie ma intronów, ORF jest sekwencją kodującą genu, który transkrybuje bezpośrednio do mRNA. Dlatego CDS i PRF są takie same u prokariontów. Szukając genów u prokariontów, łatwo jest wykryć ORF i znaleźć gen u prokariontów. U eukariontów, ponieważ istnieją introny, ORF jest sekwencją kodonów, która powstaje po obróbce lub splicingu RNA. ORF to dowód, który pomaga w przewidywaniu genu, o ile długo ORF prawdopodobnie będzie częścią genu.
Jakie są podobieństwa między CDS a ORF?
- U prokariotów CDS i ORF są takie same.
- Oba mają kodon start i kodon stop.
- Posiadają pewną liczbę nukleotydów, które można podzielić przez trzy.
- Po przetłumaczeniu produkują sekwencje aminokwasowe.
Jaka jest różnica między CDS a ORF?
CDS to rzeczywista część genu, która przekłada się na białko, podczas gdy ORF to odcinek DNA między kodonem start i kodonem stop. To jest kluczowa różnica między CDS a ORF. Ponadto CDS nie zawiera intronów, ale ORF może zawierać introny. CDS ulega pełnej transkrypcji do pełnej sekwencji mRNA, podczas gdy ORF może być częścią sekwencji mRNA. Jest to więc kolejna różnica między CDS a ORF.
Poniższa infografika przedstawia obok siebie różnice między CDS a ORF.
Podsumowanie – CDS vs ORF
CDS i ORF to dwie ważne części genu. CDS odnosi się do rzeczywistego regionu DNA, który przekłada się na białko. ORF to sekwencja DNA, która zaczyna się od kodonu start „ATG” i kończy się dowolnym z trzech kodonów terminacji (TAA, TAG lub TGA). ORF może być częścią pełnego mRNA genu. Jednak sekwencja kodująca genu podlega transkrypcji do pełnej sekwencji mRNA. Wszystkie CDS są plikami ORF. Ale nie wszystkie ORF są CDS. W ten sposób podsumowuje różnicę między CDS a ORF.
