Kluczowa różnica między kontigiem a rusztowaniem polega na tym, że kontig nie ma przerw, podczas gdy rusztowanie składa się z kontigów i przerw.
Sekwencjonowanie genomu organizmów wielokomórkowych jest bardzo trudne w porównaniu do sekwencjonowania organizmów jednokomórkowych. Sekwencjonowanie całego genomu typu shotgun to łatwa i szybka technika sekwencjonowania genomów wielokomórkowych. Jest to metoda, która sekwencjonuje równolegle wiele zachodzących na siebie fragmentów DNA. W tej metodzie małe fragmenty są łączone w większe fragmenty, a następnie w większe kontigi za pomocą komputera. Następnie kontigi są składane w rusztowania, a na koniec w chromosom. Dlatego kontig jest ciągłym ciągiem sekwencji nukleotydowych, podczas gdy rusztowanie jest częścią genomu składającą się z kontigów i przerw. Zarówno kontig, jak i rusztowanie są zrekonstruowanymi sekwencjami genomowymi.
Co to jest Contig?
Contig to sekwencja genomowa. Jest to ciągły ciąg sekwencji składający się z zasad A, C, G i T. Powstaje przez połączenie kilku nakładających się na siebie kawałków DNA w dłuższą sekwencję. W prostych słowach, kontig to zbiór fragmentów sekwencji. Tworzenie kontigów obejmuje identyfikację nakładających się fragmentów sekwencji w oparciu o lokalne dopasowywanie ciągów i metody dopasowania, które identyfikują nakładające się końce sekwencji.
Kontigi nie mają przerw. Jest częścią rusztowania. Kontigi są połączone łańcuchami podczas tworzenia rusztowania. Wymaga dodatkowych informacji o względnej pozycji i orientacji kontigów w genomie. Szczeliny oddzielają kontig w rusztowaniu. Zasadniczo montaż kontigów jest ważnym krokiem w sekwencjonowaniu całego genomu strzelby. Kontigi są ostatecznie składane w kompletną sekwencję genomową. Montaż Contig zazwyczaj wymaga zrozumienia algorytmów w dopasowywaniu ciągów i dopasowywaniu sekwencji.
Co to jest rusztowanie?
Rusztowanie to zrekonstruowana sekwencja genomowa z klonów strzelby z sekwencjonowaniem na końcach całego genomu. Strukturalnie rusztowanie składa się z kontigów i luk. Dlatego rusztowania są tworzone przez łączenie kontigów razem i oddzielanie ich szczelinami. Tworzenie rusztowania wymaga informacji dotyczących względnej pozycji i orientacji kontigów w genomie. Montaż strzelby całego genomu ma na celu reprezentację każdej sekwencji genomowej na jednym rusztowaniu. Ale to nie jest całkiem możliwe. Dlatego jeden chromosom może być reprezentowany przez kilka rusztowań. Czasami rusztowania mogą zachodzić na siebie. Ponadto niektóre rusztowania mogą zostać odfiltrowane podczas montażu.
Rysunek 02: Przegląd montażu strzelby całego genomu
Długość szczeliny rusztowania nie pokazuje jej prawdziwej długości. Ogólnie odstępy są arbitralnie ustawiane na pewne stałe długości. Dlatego te luki i niepewność co do ich długości stwarzają problemy w zrozumieniu prawdziwych relacji przestrzennych elementów funkcjonalnych w genomach oraz rzeczywistego zakresu brakujących informacji. Czasami luki reprezentują brakujące informacje genomowe.
Jakie są podobieństwa między Contig a rusztowaniem?
- Contig i scaffold to sekwencje genomowe złożone z sekwencji nukleotydowych.
- Rusztowania składają się z kontigów i luk.
Jaka jest różnica między kontigiem a rusztowaniem?
Kontig to ciągła sekwencja złożona ze zbioru fragmentów sekwencji. W przeciwieństwie do tego rusztowanie jest częścią sekwencji genomowej zrekonstruowanej przez połączenie kontigów razem. Jest to więc kluczowa różnica między kontigiem a rusztowaniem. Co więcej, kontigi nie mają przerw, podczas gdy kontigi w rusztowaniu są oddzielone przerwami.
Poniższa infografika przedstawia więcej różnic między kontigami a rusztowaniem.
Podsumowanie – Contig kontra rusztowanie
Zarówno kontig, jak i rusztowanie są zrekonstruowanymi sekwencjami nukleotydowymi w projektach sekwencjonowania całego genomu. Contig to ciągły ciąg sekwencji genomowej zawierający zasady A, C, G i T bez przerw. Rusztowanie to sekwencja genomowa składająca się z kontigów i luk. Stąd najkrótszymi elementami zespołu są contigi, podczas gdy rusztowania są zestawami contigów. Wreszcie rusztowania są składane w chromosomy w sekwencjonowaniu całego genomu. W ten sposób podsumowuje różnicę między kontigiem a rusztowaniem.
