Kluczowa różnica między profilowaniem polisomów a rybosomami polega na tym, że profilowanie polisomów analizuje zachowanie rybosomów przy użyciu zarówno rybosomu, jak i mRNA (polisomów) podczas translacji, podczas gdy profilowanie rybosomów analizuje zachowanie rybosomów tylko przy użyciu sekwencji mRNA podczas translacji.
Translacja to druga faza syntezy białek, która przekształca informacje zawarte w mRNA na sekwencję aminokwasową. Translatomics to badanie ORF (otwartych ramek odczytu), które są aktywnie tłumaczone w komórce organizmu. Techniki profilowania polisomów i rybosomów to dwa rodzaje technik w dziedzinie biologii molekularnej służące do oceny i wnioskowania różnych parametrów w kontekście analizy translatomu.
Co to jest profilowanie polisomów?
Profilowanie polisomów to technika, która określa stan translacji określonego mRNA poprzez analizę zachowania rybosomu i mRNA (polisom). Innymi słowy, ta technika dostarcza danych i wniosków na temat powiązania mRNA z rybosomami. Polisom odnosi się do grupy rybosomów związanych z mRNA, które jest obecne podczas fazy elongacji translacji.
Rysunek 01: Profilowanie polisomów
Profilowanie polisomów wymaga lizatu komórkowego, który jest następnie odwirowywany. Odwirowana próbka jest następnie rozdzielana na podstawie ich gęstości, aby scharakteryzować małe i duże podjednostki rybosomów oraz odpowiadające im mRNA zaangażowane w tworzenie polisomu. Ponadto proces obejmuje również pomiar gęstości optycznej. Eksperci są zobowiązani do przeprowadzenia profilowania polisomów.
Technika profilowania polisomów jest ważnym narzędziem w wielu zastosowaniach. Naukowcy wykorzystują tę technikę do badania stopnia translacji w komórkach. Dokładniej, jest to narzędzie do dostarczania dokładnych informacji na temat badania poszczególnych białek i ich specyficznych mRNA. W kontekście badania stopnia translacji konkretnego mRNA, technika profilowania polisomów ma kluczowe znaczenie. Tutaj można badać sekwencje 3’ i 5’ mRNA w odniesieniu do ich wpływu na ilość wytwarzanego mRNA i poziom translacji.
Co to jest profilowanie rybosomów?
Profilowanie rybosomów to technika, która analizuje zachowanie rybosomu w odniesieniu do jego mRNA podczas translacji. Ta technika została odkryta i rozwinięta przez Joan Steitz i Marilyn Kozak. Później ta technologia została dalej rozwinięta przez dwóch naukowców, Nicholasa i Jonathana, w połączeniu z sekwencjonowaniem nowej generacji, co doprowadziło do opracowania różnych powiązanych technik, takich jak metodologia Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP).
Rysunek 02: Sekwencjonowanie rybosomów
Procedura profilowania rybosomów obejmuje izolację mRNA, usunięcie RNA niezwiązanego z rybosomami i oddzielenie mRNA związanego z rybosomami. Po tej procedurze izolat mRNA podlega odwrotnej transkrypcji i następuje synteza cDNA. Wreszcie, dane sekwencyjne można dopasować do profilu translacyjnego, aby wywnioskować charakterystykę zachowania rybosomów w odniesieniu do mRNA.
Profilowanie rybosomów pomaga wielu badaczom zidentyfikować i wywnioskować lokalizację początkowych miejsc translacji, uzupełnienie przetłumaczonych otwartych ramek odczytu (ORF) w komórce lub tkance, rozmieszczenie rybosomów na mRNA oraz tempo tłumaczenie rybosomów. Profilowanie rybosomów jest również znane jako ślad rybosomów lub Ribo Seq.
Jakie są podobieństwa między profilowaniem polisomów a profilowaniem rybosomów?
- Profilowanie polisomów i rybosomów to techniki biologii molekularnej ważne w badaniach.
- Udzielają informacji na temat procesu tłumaczenia.
- Oba procesy profilowania dostarczają danych poprzez analizę translatomu.
- Profesjonalni eksperci są potrzebni do wykonania obu technik w celu uzyskania dokładnych wyników.
- Narzędzia bioinformatyczne odgrywają ważną rolę w obu technikach.
Jaka jest różnica między profilowaniem polisomów a profilowaniem rybosomów?
Profilowanie polisomów analizuje zachowanie rybosomów przy użyciu zarówno rybosomu, jak i mRNA (polisomów) podczas translacji, podczas gdy profilowanie rybosomów analizuje zachowanie rybosomów tylko przy użyciu sekwencji mRNA podczas translacji. Jest to więc kluczowa różnica między profilowaniem polisomów a profilowaniem rybosomów. Ponadto profilowanie polisomów obejmuje techniki takie jak wirowanie w gradiencie gęstości i pomiary gęstości optycznej, podczas gdy profilowanie rybosomów obejmuje techniki ekstrakcji mRNA i sekwencjonowania. Ponadto profilowanie rybosomów jest dokładniejsze niż profilowanie polisomów.
Poniższa infografika przedstawia różnice między profilowaniem polisomów i rybosomów w formie tabelarycznej do bezpośredniego porównania.
Podsumowanie – Profilowanie polisomów a profilowanie rybosomów
Translacja to druga faza syntezy białek, która polega na zamianie informacji o sekwencji mRNA na sekwencję aminokwasową. Ten proces wymaga matrycy mRNA, rybosomów, aminokwasów, tRNA i innych czynników. Profilowanie polisomów i rybosomów to dwie techniki molekularne. Profilowanie polisomów analizuje zachowanie rybosomów przy użyciu zarówno rybosomu, jak i mRNA (polisomów) podczas translacji, podczas gdy profilowanie rybosomów analizuje zachowanie rybosomów tylko przy użyciu sekwencji mRNA podczas translacji. Profilowanie polisomów obejmuje techniki takie jak wirowanie w gradiencie gęstości i pomiary gęstości optycznej. Profilowanie rybosomów obejmuje techniki takie jak ekstrakcja mRNA, synteza cDNA i sekwencjonowanie. To podsumowuje różnicę między profilowaniem polisomów a profilowaniem rybosomów.
