Kluczowa różnica między konsolidatorem a adapterem polega na tym, że konsolidator nie ma spójnych końców, podczas gdy adapter ma jeden spójny koniec.
Ligacja DNA to proces łączenia dwóch cząsteczek DNA, tworzących wiązania fosfodiestrowe. Enzym zwany ligazą DNA katalizuje tę reakcję. Jest to jeden z kluczowych etapów w nowoczesnych dziedzinach biologii molekularnej, takich jak technologia rekombinacji DNA i klonowanie DNA. Wydajność ligacji zależy od końców cząsteczek DNA, które mają zostać poddane ligacji. Istnieją dwa rodzaje końców DNA: lepkie i tępe końce. Skuteczność ligacji jest wysoka w przypadku lepkich końcówek niż w przypadku tępych końcówek. Jeśli docelowe cząsteczki DNA mają tępe końce, przydatne będą cząsteczki zwane adapterami lub łącznikami. Adaptery i łączniki to chemicznie syntetyzowane cząsteczki oligonukleotydowe, które pomagają w ligacji DNA. Mają też wewnętrzne miejsca z ograniczeniami. Adapter ma jeden lepki koniec i jeden tępy koniec, a linker ma dwa tępe końce.
Co to jest linker?
Linker to dwuniciowa sekwencja oligonukleotydowa zsyntetyzowana chemicznie. Linker ma dwa tępe końce. Linker służy do ligacji cząsteczek DNA, które mają tępe końce z wektorami. Zawiera jedną lub więcej wewnętrznych witryn restrykcyjnych. Te miejsca restrykcyjne działają jako miejsca rozpoznawania enzymów restrykcyjnych.
Rysunek 01: Łącznik
Po ligacji DNA jest ponownie ograniczane enzymami restrykcyjnymi w celu wytworzenia spójnych końców. Linkery EcoRI i sal-I są powszechnie stosowanymi linkerami.
Co to jest adapter?
Adapter to dwuniciowa sekwencja oligonukleotydowa używana do łączenia ze sobą dwóch cząsteczek DNA. Jest to krótka sekwencja z jednym tępym końcem i jednym lepkim lub spójnym końcem. Dlatego składa się z jednoniciowego ogona na jednym końcu, co zwiększa wydajność ligacji DNA.
Rysunek 02: Ligacja DNA przez adapter
Ponadto karta ma wewnętrzne miejsca z ograniczeniami. Dlatego po ligacji DNA można ograniczyć za pomocą odpowiednich enzymów restrykcyjnych w celu utworzenia nowego wystającego końca. Jedną z wad adapterów jest to, że dwa adaptery mogą tworzyć ściemniacze poprzez parowanie ze sobą baz. Można tego uniknąć, traktując je enzymem zwanym fosfatazą alkaliczną.
Jakie są podobieństwa między łącznikiem a adapterem?
- Zarówno łącznik, jak i adapter są dwuniciowymi krótkimi sekwencjami oligonukleotydowymi.
- Przenoszą wewnętrzne ograniczenia.
- Ponadto są to chemicznie zsyntetyzowane molekuły DNA i molekuły syntetyczne.
- Mogą łączyć ze sobą dwie cząsteczki DNA.
- Po ligacji łączników i adaptorów DNA jest ponownie ograniczane enzymami restrykcyjnymi w celu wytworzenia lepkich końców.
Jaka jest różnica między łącznikiem a adapterem?
Łącznik to zsyntetyzowany chemicznie krótki dupleks oligonukleotydowy z dwoma tępymi końcami. Adapter to zsyntetyzowany chemicznie krótki dupleks oligonukleotydowy z jednym końcem lepkim i jednym końcem tępym. Jest to więc kluczowa różnica między łącznikiem a adapterem. Co więcej, adaptery mogą tworzyć dimery, podczas gdy łączniki nie tworzą dimerów. Jest to więc kolejna istotna różnica między łącznikiem a adapterem.
Poniżej znajduje się podsumowanie różnic między konsolidatorem a adapterem w formie tabelarycznej.
Podsumowanie – łącznik kontra adapter
Łącznik i adapter to dwa rodzaje chemicznie syntetyzowanych oligonukleotydów, które są przydatne w ligacji DNA o tępych końcach. Linker ma dwa tępe końce, podczas gdy adapter ma jeden tępy koniec i jeden spójny koniec. Jest to więc kluczowa różnica między łącznikiem a adapterem. Są to cząsteczki dwuniciowe, które mają wewnętrzne miejsca restrykcyjne. Są szeroko stosowane w technologii rekombinacji DNA i klonowaniu DNA.
