Kluczowa różnica między fragmentem Klenowa a polimerazą DNA 1 polega na tym, że fragment Klenowa jest dużą częścią polimerazy DNA 1, która nie ma aktywności egzonukleazy 5′ do 3′, podczas gdy polimeraza DNA jest enzymem E. coli, który ma wszystkie trzy domeny zawierające aktywność egzonukleazy od 5′ do 3′.
Polimeraza DNA jest jednym z kluczowych enzymów zaangażowanych w replikację DNA w żywych organizmach. Istnieją różne formy enzymu polimerazy DNA występujące u eukariontów i prokariontów, w zależności od wielkości i kształtu. Polimerazy DNA 1, 2 i 3 występują tylko w organizmach prokariotycznych i odgrywają różne role w replikacji DNA. Polimeraza DNA 1 ma trzy domeny o aktywności polimerazy 5' do 3', aktywności egzonukleazy od 3' do 5' i aktywności egzonukleazy od 5' do 3'. Fragment Klenowa jest proteolitycznym produktem polimerazy DNA 1. Posiada aktywność 5 do 3' polimerazy i 3' do 5' egzonukleazy nienaruszonej polimerazy DNA 1, ale nie posiada aktywności 5' do 3' egzonukleazy.
Co to jest fragment Klenowa?
Fragment Klenowa jest dużą częścią polimerazy DNA 1. W przeciwieństwie do polimerazy DNA 1, aktywność egzonukleazy od 5' do 3' nie jest widoczna we fragmencie Klenowa, ponieważ nie ma on przedniej domeny egzonukleazy od 5' do 3'. Fragmenty Klenowa są wytwarzane przez trawienie polimerazy DNA 1 proteazą zwaną subtylizyną, która jest enzymem trawiącym białko. W niektórych zastosowaniach aktywność egzonukleazy 3' do 5' fragmentu Klenowa staje się niepożądana. Można go usunąć wprowadzając mutację w genie kodującym fragment Klenowa. Powstały enzym, który ma tylko aktywność polimerazy 5' do 3', jest znany jako fragment egzo-Klenowa. Morfologicznie fragment Klenowa przypomina prawą rękę człowieka. Ma N-końcową domenę 3′-5′ egzonukleazy i C-końcową domenę polimerazy oddzielone około 30 A.
Rysunek 01: Fragment Klenowa i polimeraza DNA 1
Fragment Klenowa jest ważnym narzędziem w technikach biologii molekularnej. Fragmenty Klenowa mają wiele zastosowań. Są niezwykle ważne w klonowaniu tępych końców w celu wytworzenia tępych fragmentów. Fragmenty Klenowa mogą usunąć nawisy 3′ lub wypełnić nawisy 5′, tworząc tępe końce. Ponadto fragmenty Klenowa są wykorzystywane do syntezy dwuniciowego DNA z pojedynczych nici. Ponadto są one wykorzystywane do przygotowania radioaktywnie znakowanych sond przy użyciu aktywności polimerazy DNA zależnej od 5’ do 3’ DNA.
Co to jest polimeraza DNA 1?
DNA polimeraza 1 (Pol 1) to enzym występujący u prokariontów, który jest potrzebny do replikacji bakteryjnego DNA. Jest to pierwszy typ polimerazy DNA odkryty przez Arthura Kornberga w 1956 roku. Pol 1 jest najpowszechniejszą polimerazą w E. coli. Jest kodowany przez gen polA i składa się z 928 aminokwasów. Składa się z trzech domen. Wszystkie trzy domeny spełniają różne funkcje. Dwie domeny mają aktywność egzonukleazy 5' do 3' i aktywność egzonukleazy 3' do 5'. Ze względu na tę aktywność posiadaną przez Pol 1, jest on bardziej popularny jako enzym naprawiający DNA niż jako enzym replikujący DNA. Trzecia domena ma zdolność katalizowania wielokrotnych polimeryzacji (5′ do 3′) przed uwolnieniem matrycy DNA i łączeniem fragmentów Okazaki razem poprzez wypełnianie nowego DNA i usuwanie starterów RNA.
Rysunek 02: Polimeraza DNA
Pol 1 wyizolowany z E Coli był szeroko stosowany w zastosowaniach molekularnych. Jednak po odkryciu Taq Polymerase zastąpiła ona E Coli Pol 1 w technologii PCR. Polimeraza Taq jest rodzajem termostabilnej polimerazy DNA, która należy do Pol 1.
Jakie są podobieństwa między fragmentem Klenowa a polimerazą DNA 1?
- Fragment Klenowa to duża część polimerazy DNA 1.
- Posiadają aktywność polimerazy DNA zależną od DNA od 5’ do 3’ i aktywność egzonukleazy od 3’ do 5’, które pośredniczą w korekcie.
- Są używane do wielu celów.
Jaka jest różnica między fragmentem Klenowa a polimerazą DNA 1?
Kluczowa różnica między fragmentem Klenowa a polimerazą DNA 1 polega na tym, że fragment Klenowa nie ma aktywności egzonukleazy od 5′ do 3′, podczas gdy polimeraza DNA 1 ma aktywność egzonukleazy od 5′ do 3′. Dlatego fragment Klenowa ma dwie domeny, podczas gdy polimeraza DNA 1 ma wszystkie trzy domeny.
Poniższa infografika pokazuje więcej szczegółów na temat różnicy między fragmentem Klenowa a polimerazą DNA 1.
Podsumowanie – fragment Klenowa kontra polimeraza DNA 1
DNA polimeraza 1 jest enzymem E. coli, który ma trzy domeny jako domenę polimeryzacji od 5' do 3', domenę od 3' do 5' egzonukleazy i domenę od 5' do 3' egzonukleazy. Fragment Klenowa to duża część polimerazy DNA. Brakuje w nim jednej domeny polimerazy DNA 1, która jest domeną egzonukleazy od 5' do 3'. Kluczową różnicą między fragmentem Klenowa a polimerazą DNA 1 jest to, że fragmenty Klenowa nie mają domeny egzonukleazy od 5′ do 3′, podczas gdy polimeraza DNA 1 ma domenę egzonukleazy od 5′ do 3′.
