Kluczowa różnica między ITS1 i ITS2 polega na tym, że ITS1 jest DNA spacerowym zlokalizowanym pomiędzy genami rRNA 18S i 5.8S u eukariontów, podczas gdy ITS2 jest DNA spacerowym zlokalizowanym pomiędzy genami rRNA 5.8S i 28S u eukariontów.
Wewnętrzny przerywnik transkrybowany (ITS) to przerywnik DNA zwykle zlokalizowany między genami małej podjednostki rybosomalnego RNA i dużej podjednostki rybosomalnego RNA w chromosomie lub w odpowiednim transkrybowanym regionie w cząsteczce transkrypcji prekursora policistronowego rRNA. U bakterii i archeonów występuje tylko jeden ITS między genami rRNA 16S i 23S. Ale u eukariontów istnieją dwa DNA dystansowe ITS: ITS1 (pomiędzy 18S a 5.8S rRNA) i ITS2 (między 5,8S a 28S rRNA). Dlatego ITS1 i ITS2 to dwa odstępniki DNA znajdujące się między genami rRNA u eukariontów.
Co to jest ITS1?
ITS1 to odstępnik DNA zlokalizowany pomiędzy genami rRNA 18S i 5.8S u eukariontów. ITS odnosi się do fragmentu niefunkcjonalnego rozdzielacza DNA znajdującego się pomiędzy genami rRNA. ITS1 ma większą zmienność długości niż ITS2. Zmienność długości ITS1 wynosi około (200-300 pb). Markery ITS, takie jak ITS1, dowiodły swojej skuteczności w wyjaśnianiu związków filogenetycznych między różnymi taksonami. Co więcej, DNA przerywnika ITS1 jest mniej konserwowany niż DNA przerywnika ITS2. Struktury ITS1 są zachowane tylko w znacznie mniejszych jednostkach taksonomicznych. Każdy eukariotyczny klaster rybosomalny zawiera również regiony zwane zewnętrznymi przerywnikami transkrybowanymi (5’ i 3’ ETS).
Rysunek 01: Region ITS1
DNA przerywnika ITS1 jest bardzo zbliżone do 5’zewnętrznego przerywnika transkrybowanego (5’ ETS). Ponadto, jeśli ktoś chce amplifikować region ITS1 do badań zależności filogenetycznych, musi w tym celu użyć specyficznej pary starterów (startery wsteczne i lewe). W celu amplifikacji regionu ITS1 w protokołach PCR stosowanych w laboratoriach zwykle stosuje się dwa zestawy starterów. Są to ITS1 do przodu i ITS2 do tyłu lub ITS1 do przodu i ITS4 do tyłu.
Co to jest ITS2?
ITS2 to odstępnik DNA znajdujący się pomiędzy genami rRNA 5,8S i 28S u eukariontów. Region ITS2 ma krótszą zmienność długości niż region ITS1. Zmienność długości ITS2 wynosi około (180-240bp). Jednak region ITS2 jest bardziej chroniony niż region ITS1 w wielu jednostkach taksonomicznych. Określa, że wszystkie sekwencje ITS2 mają wspólny rdzeń struktury drugorzędowej. Co więcej, 40% regionu ITS2 jest zachowane wśród wszystkich roślin okrytozalążkowych, podczas gdy możliwe jest przyporządkowanie 50% regionu ITS2 do rodziny i wyższego poziomu.
Rysunek 02: Region ITS2
Niezależnie od zakresu ochrony, wykorzystanie regionu ITS2 jest również bardzo popularne jako region ITS1 w badaniach relacji filogenetycznych, zwłaszcza w kodowaniu kreskowym DNA grzybów. W celu amplifikacji regionu ITS2 w protokołach PCR stosowanych w laboratoriach na ogół stosuje się specyficzny zestaw starterów. To jest ITS1 do przodu i ITS4 do tyłu. Ale gdy protokół PCR wykorzystuje ten zestaw starterów, amplifikuje również region ITS1 wraz z regionem ITS2. Co więcej, DNA przerywnika ITS2 jest bardzo zbliżony do 3’zewnętrznego przerywnika transkrybowanego (3’ ETS).
Podobieństwa między ITS1 i ITS2
- ITS1 i ITS2 to dwa odstępniki DNA zlokalizowane pomiędzy genami rRNA.
- Są obecne tylko u eukariontów.
- Oba mogą zostać wzmocnione przy użyciu określonych par starterów.
- Oba są wycinane w procesie dojrzewania rRNA jako niefunkcjonalne produkty uboczne.
- Oba są bardzo ważne dla badań relacji filogenetycznych, zwłaszcza w kodowaniu kreskowym DNA grzybów.
Różnica między ITS1 a ITS2
ITS1 jest przerywnikiem DNA obecnym między genami rRNA 18S i 5.8S u eukariotów, podczas gdy ITS2 jest przerywnikiem DNA zlokalizowanym między genami rRNA 5.8S i 28S u eukariontów. To jest więc kluczowa różnica między ITS1 a ITS2. Co więcej, ITS1 ma większe zróżnicowanie długości w porównaniu z ITS2. Z drugiej strony ITS2 ma mniejszą zmienność długości w porównaniu z ITS1. To kolejna różnica między ITS1 a ITS2.
Poniższa infografika przedstawia różnice między ITS1 i ITS2 w formie tabelarycznej do bezpośredniego porównania.
Podsumowanie – ITS1 kontra ITS2
Wewnętrzny region transkrybowany (ITS) to niefunkcjonalny fragment DNA rozdzielającego znajdujący się pomiędzy genami rRNA. U bakterii i archeonów występuje tylko jeden region ITS. Ale u eukariontów istnieją dwa regiony ITS: ITS1 i ITS2. ITS1 to przerywnik DNA, który znajduje się między genami rRNA 18S i 5.8S u eukariontów, podczas gdy ITS2 jest przerywnikiem DNA, który znajduje się między genami rRNA 5.8S i 28S u eukariontów. Oto podsumowanie różnicy między ITS1 i ITS2.
