Kluczowa różnica między starterem a promotorem polega na tym, że starter jest komercyjnie syntetyzowaną krótką sekwencją DNA, która jest używana w PCR do amplifikacji docelowej sekwencji DNA, podczas gdy promotor jest specyficzną sekwencją DNA, która zapewnia bezpieczne początkowe miejsce wiązania RNA polimeraza i czynniki transkrypcyjne w celu zainicjowania transkrypcji.
Primer i promotor to dwa rodzaje sekwencji DNA. Primer to mały fragment DNA potrzebny do reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR). Ma krótkie sekwencje nukleotydowe komplementarne do flankującego końca nici DNA. Istnieją dwa rodzaje starterów, które działają jako punkty wyjścia do syntezy nowych nici DNA. W przeciwieństwie do tego promotor jest specyficzną sekwencją DNA zlokalizowaną powyżej miejsca inicjacji transkrypcji genu. Bezpośrednio oddziałuje z elementami mechanizmu transkrypcji, takimi jak polimeraza RNA i czynniki transkrypcyjne, w celu kontrolowania transkrypcji DNA. Dlatego polimeraza RNA i inne czynniki transkrypcyjne wiążą się z sekwencją promotora i inicjują transkrypcję.
Co to jest podkład?
Primery to krótkie sekwencje DNA przeznaczone do amplifikacji docelowych sekwencji DNA. Strukturalnie posiadają krótkie sekwencje nukleotydowe komplementarne do flankujących końców podwójnych nici DNA. Zwykle mają długość około 20 nukleotydów. Podczas PCR polimeraza Taq katalizuje dodanie nukleotydów do istniejącej sekwencji nukleotydowej. Stąd startery służą jako punkty wyjścia do syntezy nowych nici. Polimeraza Taq działa tylko w kierunku 5’ do 3’. Stąd synteza DNA odbywa się również w tym samym kierunku od 5’ do 3’. Ponieważ DNA jest dwuniciowy, w reakcji PCR potrzebne są dwa rodzaje starterów. Są one znane jako starter przedni i starter wsteczny, w oparciu o kierunek wydłużenia startera podczas syntezy DNA.
Rysunek 01: Podkłady
Forward primer przyłącza się do antysensownej nici DNA i inicjuje syntezę nici + genu w kierunku 5’ do 3’. Ma krótką sekwencję nukleotydową, która jest komplementarna do flankującego końca 3' nici antysensownej. Starter odwrotny przyłącza się do nici sensownej i inicjuje syntezę nici komplementarnej do nici kodującej, czyli nici genu w kierunku 5’do 3’. Tak więc, starter odwrotny jest zaprojektowany jako komplementarny do końca 3' nici kodującej. Zarówno startery wsteczne, jak i lewe są ważne dla produkcji od milionów do miliardów kopii określonych regionów DNA, które są celem lub zainteresowaniem.
Kim jest promotor?
Promotor to sekwencja DNA zlokalizowana przed lub na końcu 5′ miejsca inicjacji transkrypcji genu. Zapewnia miejsce wiązania polimerazy RNA i pewnych elementów regulatorowych w celu zainicjowania transkrypcji genu. Jest to sekwencja regulacyjna potrzebna do włączania lub wyłączania genu. W promotorze występuje specyficzna sekwencja nukleotydów. Może mieć 100-1000 par zasad. Promotor wskazuje kierunek transkrypcji. Ponadto wskazuje nić sensowną, która powinna być transkrybowana.
Rysunek 02: Promotor genu
Istnieją trzy rodzaje elementów promotora: promotor główny, promotor proksymalny i promotor dystalny. Promotor rdzeniowy to minimalna część promotora wymagana do zainicjowania transkrypcji. Znajduje się najbardziej proksymalnie od kodonu start. Skrzynka TATA jest konserwatywnym regionem występującym w wielu eukariotycznych promotorach rdzeniowych. Znajduje się od 25 do 35 par zasad powyżej miejsca startu transkrypcji. Proksymalny promotor znajduje się bliżej promotora rdzeniowego. Na ogół znajduje się 250 par zasad w górę od kodonu start i zawiera podstawowe elementy regulatorowe. Promotor dystalny znajduje się przed promotorem proksymalnym i zawiera dodatkowe elementy regulatorowe. Promotory bakteryjne mają w swoich promotorach dwa krótkie elementy sekwencji. TATAAT jest sekwencją konsensusową zlokalizowaną przy -10 promotora bakteryjnego, podczas gdy TTGACA jest sekwencją konsensusową przy -35. Są one znane jako -10 elementów i -35 elementów.
Jakie są podobieństwa między podkładem a promotorem?
- Primer i promotor to dwa rodzaje sekwencji DNA.
- Składają się z sekwencji nukleotydów.
- Zarówno starter, jak i promotor są ważne dla ekspresji genów.
Jaka jest różnica między podkładem a promotorem?
Primer to krótka sekwencja nukleotydowa zaprojektowana do amplifikacji docelowego DNA. W przeciwieństwie do tego promotor jest specyficzną regulatorową sekwencją DNA znajdującą się powyżej miejsca inicjacji transkrypcji genu. To jest więc kluczowa różnica między starterem a promotorem. Startery mają długość około 20 par zasad, podczas gdy promotor może mieć 100-1000 par zasad. Funkcjonalnie startery służą jako sekwencje startowe do syntezy nowej nici, podczas gdy promotory kontrolują transkrypcję genów poprzez zapewnienie miejsc wiązania dla polimerazy RNA i innych czynników transkrypcyjnych.
Co więcej, promotor jest zdefiniowany jako kierunek transkrypcji i wskazuje sensowną nić genu. Strukturalnie starter jest krótką, jednoniciową sekwencją DNA, podczas gdy promotor jest długą dwuniciową sekwencją DNA.
Poniższa grafika informacyjna zawiera więcej porównań związanych z różnicą między starterem a promotorem.
Podsumowanie – Primer kontra promotor
Primery to krótkie sekwencje nukleotydowe komplementarne do flankujących końców podwójnej nici docelowego DNA. W PCR stosowane są dwa rodzaje starterów. Służą jako sekwencje wyjściowe do syntezy nowych nici. Startery są projektowane komercyjnie i są to sekwencje stabilne temperaturowo. Z drugiej strony promotor jest sekwencją regulatorową genu zlokalizowanego powyżej miejsca inicjacji transkrypcji. Promotory kontrolują transkrypcję genów. Zapewniają miejsca wiązania dla polimerazy RNA i czynników transkrypcyjnych, które inicjują transkrypcję. Tak więc jest to podsumowanie różnicy między starterem a promotorem.
