Kluczowa różnica między hierarchicznym i całym genomem sekwencjonowania shotgun polega na tym, że w hierarchicznym sekwencjonowaniu shotgun genom jest dzielony na większe fragmenty przed sekwencjonowaniem, podczas gdy w sekwencjonowaniu całego genomu cały genom jest dzielony na małe fragmenty do sekwencjonowania.
Sekwencjonowanie to ważna technika w procesach molekularnych, zwłaszcza w dokładnej identyfikacji gatunków. W rzeczywistości jest to technika identyfikacji dokładnej kolejności nukleotydów w genie lub genomie. Istnieje wiele technik sekwencjonowania. Niektóre z nich obejmują metodę Maxama Gilberta, metodę Sangera i automatyczną metodę Sangera.
Co to jest hierarchiczne sekwencjonowanie strzelb?
Hierarchiczne sekwencjonowanie strzelb jest jedną z metod sekwencjonowania. Nazywa się to również „sekwencjonowaniem odgórnym”. Ponadto metoda ta składa się z dwóch etapów: pierwszym etapem jest amplifikacja genomu, a drugim etapem jest fragmentacja genomu. W tej metodzie genom jest najpierw cięty na duże fragmenty. Następnie następuje klonowanie tych dużych fragmentów do różnych gospodarzy przy użyciu wektorów lub sztucznych chromosomów. Następnie te zrekombinowane wektory są umieszczane w bibliotece. Podczas sekwencjonowania typu shotgun, zrekombinowane klony wektorów poddaje się sekwencjonowaniu indywidualnie. Fragmenty w klonach przechodzą trawienie restrykcyjne w celu dalszego zmniejszenia rozmiaru genomu, a tym samym przechodzą sekwencjonowanie.
Rysunek 01: Hierarchiczne sekwencjonowanie strzelb
Podczas hierarchicznego sekwencjonowania strzelb, duże fragmenty fragmentów muszą być ułożone w kolejności przed sekwencjonowaniem strzelb. Odbywa się to za pomocą markerów molekularnych, które są włączane podczas procesu klonowania.
Hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby tworzy mapę genów o niskiej rozdzielczości. Ale tworzy uporządkowaną mapę sekwencji. W związku z tym trwa dłużej niż sekwencjonowanie bezpośrednie. Cały proces opóźnia się z powodu utworzenia rekombinowanej biblioteki wektorowej. Czy jest to również technika pracochłonna. Jednak obecnie technika ta jest zautomatyzowana, aby ułatwić pracę.
Co to jest sekwencjonowanie całego genomu strzelb?
Sekwencjonowanie całego genomu metodą shotguna to jednoetapowy proces sekwencjonowania. W tym procesie najpierw następuje ścinanie całego genomu. Następnie każdy z tych małych fragmentów podlega losowemu sekwencjonowaniu. Po zakończeniu sekwencjonowania następuje analiza sekwencji. Podczas analizy sekwencji nakładające się sekwencje są usuwane, a analiza nie jest procesem uporządkowanym. Dlatego łączenie sekwencji jest mniej wydajnym procesem w porównaniu z hierarchicznym sekwencjonowaniem shotgunów. Jednak proces sekwencjonowania całego genomu metodą shotgun jest szybszy, a analiza całego genomu może odbywać się w jednym przypadku.
Jakie są podobieństwa między hierarchicznym i całym genomem sekwencjonowania strzelb?
- Sekwencjonowanie hierarchiczne i sekwencjonowanie całego genomu to dwa podejścia do sekwencjonowania.
- Obie przechodzą sekwencjonowanie Sangera lub zautomatyzowane metody sekwencjonowania Sangera.
- Brają udział w sekwencjonowaniu fragmentów DNA i RNA.
- Ponadto obie metody są ważne w diagnostyce molekularnej i celach badawczych.
- Obecnie obie techniki są zautomatyzowane lub oparte na komputerach.
- Obie techniki opierają się na fragmentacji genomu.
Jaka jest różnica między hierarchicznym i całym genomem sekwencjonowania strzelb?
Hierarchiczne sekwencjonowanie shotgun generuje większe fragmenty w porównaniu do sekwencjonowania całego genomu shotgun, które działa z małymi fragmentami sekwencji. To jest więc kluczowa różnica między sekwencjonowaniem hierarchicznym a sekwencjonowaniem całego genomu. Poza tym hierarchiczne sekwencjonowanie strzelby składa się z dwóch głównych kroków, podczas gdy sekwencjonowanie strzelby całego genomu opiera się na jednym głównym kroku.
Ponadto inną różnicą między hierarchicznym i całym genomem sekwencjonowaniem shotgun jest to, że rozdzielczość jest wyższa w sekwencjonowaniu całego genomu shotgun w porównaniu z hierarchicznym sekwencjonowaniem shotgun.
Poniższa infografika podsumowuje różnicę między sekwencjonowaniem hierarchicznym a sekwencjonowaniem całego genomu.
Podsumowanie – hierarchiczne a sekwencjonowanie strzelb całego genomu
Hierarchiczne i sekwencjonowanie całego genomu metodą shotgun to dwie techniki sekwencjonowania dużych genomów. Hierarchiczna sekwencja strzelby to dwuetapowy proces sekwencjonowania, w którym genom jest dzielony na większe fragmenty. W przeciwieństwie do tego, sekwencjonowanie całego genomu metodą shotguna jest sekwencjonowaniem jednoetapowym, w którym genom jest dzielony na małe fragmenty i bezpośrednio sekwencjonowany. Jest to więc kluczowa różnica między sekwencjonowaniem hierarchicznym a sekwencjonowaniem całego genomu. Co więcej, aspekty techniczne mogą się różnić w zależności od tych dwóch technik.
