Kluczowa różnica między FISH a CGH polega na tym, że FISH jest techniką molekularną, która wykrywa specyficzną sekwencję DNA na chromosomie za pomocą sond znakowanych fluorescencyjnie, podczas gdy CGH to kolejna technika cytogenetyki molekularnej, która wykrywa zmiany w genomowym DNA.
Analiza cytogenetyczna odgrywa ważną rolę w medycynie podczas wykrywania nieprawidłowości chromosomalnych, takich jak aneuploidie, delecje, duplikacje i rearanżacje itp. Nieprawidłowości chromosomowe ostatecznie prowadzą do chorób genetycznych, takich jak rak, niepłodność, zespół Downa, zespół Klinefeltera, Turnera zespół, białaczka itp. Istnieją różne molekularne metody cytogenetyczne do wykrywania wyżej wymienionych wad i chorób. Wśród nich dwie potężne techniki hybrydyzacji to FISH (fluorescencyjna hybrydyzacja in situ) i CGH (porównawcza hybrydyzacja genomowa). Jednak obie metody mają zalety i wady.
Co to jest RYBA?
FISH to technika hybrydyzacji kwasów nukleinowych wykonywana na części lub skrawku tkanki, w całej tkance lub komórkach. Jest to metoda oparta na sondach. Technika ta opiera się na teorii komplementarnego parowania zasad Watsona Cricka, w wyniku czego powstają hybrydy DNA – DNA lub DNA – RNA, które mogą w ten sposób wykryć zmutowane geny lub zidentyfikować gen będący przedmiotem zainteresowania. Ponadto, technika ta wykorzystuje sekwencje jednoniciowego DNA, sekwencje dwuniciowego DNA, jednoniciowe sekwencje RNA lub syntetyczny oligonukleotyd wytworzony przy użyciu translacji nick jako sondy, które są komplementarne do sekwencji genów będących przedmiotem zainteresowania. Poza tym najważniejszą cechą tej techniki jest znakowanie sond barwnikami fluorescencyjnymi. W ten sposób sondy wiążą się z komplementarnymi częściami chromosomu i ułatwiają wykrywanie.
Ponadto FISH jest bardzo czułą i specyficzną metodą. Dlatego jest to powszechna technika zarówno w badaniach, jak i diagnostyce nowotworów hematologicznych i guzów litych. Ale FISH pokazuje niską rozdzielczość. Aby zaprojektować sekwencje sondy, wymagana jest również wcześniejsza znajomość nieprawidłowości docelowych.
Rysunek 01: RYBY
Istnieje wiele zastosowań FISH, głównie w diagnostyce molekularnej chorób zakaźnych w celu identyfikacji obecności patogenów i potwierdzenia patogenu poprzez diagnostykę molekularną. Ponadto FISH jest powszechnie stosowaną techniką w dziedzinie biologii rozwoju, kariotypowania i analizy filogenetycznej oraz fizycznego mapowania chromosomów.
Co to jest CGH?
Porównawcza hybrydyzacja genomowa (CGH) to kolejna technika cytogenezy molekularnej oparta na DNA, która umożliwia wykrywanie zmian sekwencji genomowego DNA. Metoda jest zaawansowaną metodą, która może analizować modyfikacje chromosomów i genów w celu wykrycia zmian lub zmian w sekwencjach genomowego DNA. Ponadto CGH wymaga izolacji i fragmentacji DNA z próbki eksperymentalnej i próbki referencyjnej. Następnie próbki powinny być oznakowane dwoma różnymi barwnikami fluorescencyjnymi (najczęściej czerwonym i zielonym). Później obie próbki miesza się i pozwala na konkurencyjną hybrydyzację. Ostatnim krokiem jest analiza próbek pod kątem zmian w DNA, takich jak duplikacja genów, utrata genów itp. W szczególności mierzy się różnice w liczbie kopii DNA między próbką badaną a próbką kontrolną.
Rysunek 02: CGH
Kolejna wersja CGH jest już dostępna; jest to bardziej zaawansowana metoda niż normalne CGH. Jest to technika zwana CGH lub aCGH. aCGH umożliwia precyzyjną identyfikację delecji genu lub sekwencji w wielu tysiącach sekwencji w jednym eksperymencie.
Jakie są podobieństwa między RYBAMI a CGH?
- RYBY i CGH to dwie techniki molekularne.
- Zarówno FISH, jak i CGH opierają się na hybrydyzacji kwasów nukleinowych.
- Ponadto obie techniki wymagają zaprojektowanych sond do wykrywania określonych celów DNA.
- Wykorzystujemy je do prenatalnej i postnatalnej diagnostyki chorób genetycznych.
- Ponadto zarówno FISH, jak i CGH są bardzo potężnymi narzędziami do badania zmian genomowych.
- Do znakowania sond używają barwników fluorescencyjnych.
Jaka jest różnica między RYBAMI a CGH?
FISH to procedura hybrydyzacji in situ, która wykorzystuje sondy fluorescencyjne do wykrywania określonych sekwencji DNA, podczas gdy CGH to technika hybrydyzacji molekularnej, która wykrywa zmiany sekwencji genomowego DNA. To jest kluczowa różnica między FISH a CGH.
Ponadto, FISH wymaga wcześniejszej wiedzy o nieprawidłowościach docelowych, aby zaprojektować sekwencje sondy, podczas gdy CGH nie wymaga wcześniejszej wiedzy. Kolejną różnicą między FISH i CGH jest to, że FISH pokazuje ograniczoną rozdzielczość, podczas gdy aCGH pokazuje wysoką rozdzielczość.
Poniższa infografika podsumowuje różnicę między RYBAMI a CGH.
Podsumowanie – RYBY kontra CGH
FISH i CGH to dwie molekularne techniki cytogenetyczne, które ułatwiają wykrywanie sekwencji genów będących przedmiotem zainteresowania. FISH ułatwia wykrywanie określonej sekwencji DNA na chromosomie przy użyciu sond znakowanych fluorescencyjnie, podczas gdy CGH ułatwia wykrywanie zmian w genomowym DNA. To jest kluczowa różnica między FISH a CGH.
