Kluczowa różnica między dokowaniem molekularnym a ocenianiem polega na tym, że dokowanie jest techniką stosowaną do określania powinowactwa wiązania między dwiema cząsteczkami, podczas gdy ocenianie jest procesem oceny konkretnej pozycji poprzez zliczanie korzystnych interakcji międzycząsteczkowych.
Pojęcia dokowania molekularnego i punktacji są używane w dziedzinie modelowania molekularnego. Modelowanie molekularne to technika stosowana do określania możliwych układów różnych cząsteczek w danej substancji. Ta technika jest ważna przy tworzeniu nowych stabilnych związków.
Co to jest dokowanie molekularne?
Dokowanie molekularne to obliczeniowa symulacja wiązania potencjalnego liganda z receptorem. Metoda ta przewiduje korzystną orientację jednej cząsteczki do innej cząsteczki, gdy są ze sobą połączone w celu utworzenia stabilnego kompleksu. Wyniki uzyskane za pomocą tej techniki można wykorzystać do przewidywania siły asocjacji lub powinowactwa wiązania między dwiema cząsteczkami. Tutaj ważna jest również funkcja punktacji molekularnej.
Rysunek 01: Prosty diagram przedstawiający proces interakcji molekularnych w układach biologicznych
Ogólnie rzecz biorąc, ta technika uwzględnia biologicznie istotne cząsteczki, takie jak białka, peptydy, kwasy nukleinowe, węglowodany i lipidy. Te cząsteczki są bardzo ważne i odgrywają ważną rolę w mechanizmach transdukcji sygnału w naszym ciele. Dlatego orientacja dwóch cząsteczek, które będą się wiązać w tym procesie transdukcji sygnału, wpływa na rodzaj wytwarzanego sygnału. To znaczy; Dokowanie molekularne jest ważne przy określaniu zarówno siły, jak i rodzaju sygnału wytwarzanego podczas transdukcji sygnału w systemach biologicznych.
Ponadto techniki dokowania molekularnego są ważne w projektowaniu leków opartych na strukturze. Wynika to z przewidywalności konformacji wiązania małych cząsteczek, takich jak ligandy, do odpowiedniego miejsca wiązania.
Co to jest punktacja molekularna?
Punktacja molekularna to rodzaj funkcji matematycznej, która jest przydatna w ocenie postępu dokowania molekularnego. W dziedzinie chemii obliczeniowej funkcje punktacji są wykorzystywane do przewidywania powinowactwa wiązania między dwiema cząsteczkami po procesie dokowania. Na przykład, jeśli mamy małą cząsteczkę leku w postaci cząstek i istnieje biologiczny cel, taki jak białko, możemy ocenić powinowactwo leku do miejsca wiązania. Co więcej, punktację molekularną można wykorzystać do przewidywania oddziaływań międzycząsteczkowych między dwoma białkami lub między białkiem a cząsteczkami DNA.
Rysunek 02: Funkcja punktacji w skrócie
Główne zastosowanie punktacji molekularnej to procesy projektowania leków – na przykład wirtualne badania przesiewowe, projektowanie de novo, optymalizacja leadów itp.
Jaka jest różnica między dokowaniem molekularnym a punktacją?
Dokowanie i ocenianie molekularne jest ważne w modelowaniu molekularnym. Kluczowa różnica między dokowaniem molekularnym a ocenianiem polega na tym, że dokowanie jest techniką stosowaną do określania powinowactwa wiązania między dwiema cząsteczkami, podczas gdy ocenianie jest procesem oceny konkretnej pozy poprzez zliczanie liczby korzystnych interakcji międzycząsteczkowych.
Poniższa infografika podsumowuje różnicę między dokowaniem molekularnym a punktacją.
Podsumowanie – Dokowanie molekularne a punktacja
Dokowanie i ocenianie molekularne jest ważne w modelowaniu molekularnym. Kluczowa różnica między dokowaniem molekularnym a ocenianiem polega na tym, że dokowanie jest techniką stosowaną do określania powinowactwa wiązania między dwiema cząsteczkami, podczas gdy ocenianie jest procesem oceny konkretnej pozy poprzez zliczanie liczby korzystnych interakcji międzycząsteczkowych.
