Kluczowa różnica między syntenią a kolinearnością polega na tym, że syntenia to fizyczna kolokalizacja loci genetycznych na tym samym chromosomie u gatunku, podczas gdy kolinearność to fizyczna kolokalizacja loci genetycznych na tym samym chromosomie w różnych gatunkach. to samo zamówienie.
Syntenia i kolinearność to dwa terminy używane zamiennie w genomice. Oba terminy opisują wzorce lokalizacji genów na chromosomach u różnych gatunków. Te powiązane układy genów wśród taksonów są cenną informacją przy ustalaniu wspólnego pochodzenia genów. Synteny odnosi się do fizycznej kolokalizacji loci genetycznych na tym samym chromosomie u gatunku. Kolinearność odnosi się do fizycznej kolokalizacji loci genetycznych na tym samym chromosomie w różnych gatunkach z zachowaniem tej samej kolejności. Jest to zatem forma syntenii.
Co to jest Synteny?
U różnych gatunków istnieje zestaw genów zlokalizowanych na tym samym chromosomie. I ta fizyczna kolokalizacja genów na tym samym chromosomie u różnych gatunków nazywana jest syntenią. Ponadto te geny znajdują się bardzo blisko siebie na jednym chromosomie. Kolejność genów niekoniecznie musi być taka sama. Ale lokalizacja genów blisko siebie na tym samym chromosomie odbywa się w syntenii. Dlatego synteny opisuje głównie wzór dystrybucji genów na chromosomie. Te wzorce kolokalizacji genów wskazują na relacje między różnymi gatunkami i ich ewolucją. Jednak syntenię można zakłócić z powodu rearanżacji chromosomowych, takich jak translokacje, inwersja i fuzja chromosomów itp. duplikacje, utrata i nierówna rekombinacja homologiczna.
Rysunek 01: Synteny
Uważa się, że wszystkie połączone geny są synteniczne. Jednak nie wszystkie geny synteniczne są koniecznie połączone. Posiadają wspólne sekwencje chromosomów. Ludzie mają wiele genów syntenicznych z innymi ssakami. Co więcej, wiele zbóż ma geny synteniczne.
Co to jest kolinearność?
Kolinearność to bardziej specyficzna forma syntenii, w której zestaw genów znajduje się na tym samym chromosomie różnych gatunków w tej samej kolejności, co u przodków. Dlatego też, jeśli występuje odchylenie od kolinearności, będzie to bardziej wiarygodny charakter filogenetyczny, ponieważ kolinearność wyjaśnia wspólne pochodzenie genów.
Rysunek 02: Współliniowość
Analiza kolinearności wielokierunkowej dostarcza znacznie bardziej wiarygodnych informacji na temat powiązanych gatunków i ich filogenezy.
Jakie są podobieństwa między syntenią a kolinearnością?
- W syntenii i kolinearności, zestaw loci w dwóch różnych gatunkach znajduje się na tym samym chromosomie.
- Te terminy opisują fizyczną kolokalizację loci genetycznych na tym samym chromosomie.
- Kolinearność to bardziej specyficzna forma syntenii.
- Czasami oba terminy są używane zamiennie w genomice.
- Jeżeli dwa regiony mają kolinearność, są one oczywiście synteniczne.
- Są przydatne przy wnioskowaniu filogenezy.
Jaka jest różnica między syntenią a kolinearnością?
Syntenia i kolinearność to dwa terminy używane zamiennie w genomice. Synteny odnosi się do fizycznej kolokalizacji zestawu genów w tym samym chromosomie u różnych gatunków. Kolinearność to forma syntenii, w której zestaw genów znajduje się w tej samej kolejności wśród różnych gatunków. Dlatego jest to kluczowa różnica między syntenią a kolinearnością.
Podsumowanie – Synteny vs Kolinearność
Terminy syntenia i kolinearność odnoszą się do zestawu genów, które znajdują się na tym samym chromosomie u różnych gatunków. W rzeczywistości te geny są zlokalizowane w tym samym chromosomie u różnych gatunków. Synteny opisuje fizyczną współlokalizację zestawu genów na tym samym chromosomie u różnych gatunków, podczas gdy kolinearność jest bardziej specyficzną formą syntenii, w której zestaw genów znajduje się w tej samej kolejności. W ten sposób podsumowuje to różnicę między syntenią a kolinearnością.
