Kluczowa różnica – egzom a transkryptom
Gen zawiera w sobie regiony kodujące i niekodujące. Sekwencje kodujące są znane jako eksony, a sekwencje niekodujące są znane jako introny. Sekwencja nukleotydowa eksonów genu reprezentuje kod genetyczny genu do syntezy określonego białka. Stąd egzony pozostają w cząsteczce mRNA. Całkowity region egzonu genomu jest znany jako egzom i jest ważną częścią genomu. Kod genetyczny genów jest przekształcany w kod genetyczny cząsteczki mRNA, która jest potrzebna do produkcji białka. Całe cząsteczki mRNA podlegające transkrypcji w komórce lub populacji komórek na raz są znane jako transkryptom. Kluczowa różnica między egzomem a transkryptomem polega na tym, że egzom reprezentuje sekwencje regionów eksonu genomu, podczas gdy transkryptom reprezentuje całkowity mRNA komórki lub tkanki w danym czasie.
Co to jest Exome?
Geny składają się z eksonów, intronów i sekwencji regulatorowych. Egzony to regiony genów, które podczas transkrypcji ulegają transkrypcji do sekwencji mRNA. Introny i inne regiony niekodujące są usuwane podczas transkrypcji. Sekwencja nukleotydowa eksonów określa kod genetyczny genu, który syntetyzuje określone przez niego białko. W mRNA białka pozostają tylko eksony. Zbiór egzonów w genomie nazywany jest egzomem organizmu. Reprezentuje część genomu, która jest wyrażana w genach. U ludzi egzom stanowi 1% genomu. Jest to kodująca białko część ludzkiego genomu.
Rysunek 01: Egzom
Co to jest transkryptom?
Transkryptom to zbiór wszystkich transkryptów kodujących i niekodujących (RNA) w danej tkance. Transkryptom reprezentuje zbiór całkowitych cząsteczek mRNA wyrażanych przez geny w komórce lub tkance. Transkryptom komórki może się zmieniać z transkryptomem innego typu komórki. Transkryptom jest również dynamiczny – zmienia się w czasie w odpowiedzi na bodźce zarówno wewnętrzne, jak i zewnętrzne. Nawet w tej samej tkance lub w obrębie tego samego typu komórek transkryptom może ulec zmianie po kilku minutach.
Transkryptom różni się od egzomu organizmu. Transkryptom obejmuje tylko eksprymowane sekwencje egzomu. Chociaż egzom komórki pozostaje taki sam, transkryptom różni się między komórkami, ponieważ ekspresja genów nie jest taka sama dla wszystkich komórek lub tkanek. Tylko niezbędne geny ulegają ekspresji w różnych komórkach i tkankach. Ekspresja genów jest procesem specyficznym dla tkanki lub komórki. Jest regulowany przez różne czynniki, w tym czynniki środowiskowe. Dlatego transkryptom może się różnić w zależności od zewnętrznych warunków środowiskowych.
Transkryptom jest używany jako prekursor w badaniach proteomicznych. Wszystkie białka pochodzą z sekwencji mRNA. Modyfikacje translacyjne mogą skutkować zmianami w białkach. Jednak transkryptom dostarcza ważnych podstawowych informacji do badań proteomicznych.
Rysunek 02: Transkryptom embrionalnych komórek macierzystych
Jaka jest różnica między egzomem a transkryptomem?
Egzom kontra transkryptom |
|
| Exom to zbiór regionów kodujących białka genów. | Transcriptome to zbiór wszystkich transkrybowanych RNA, w tym mRNA. |
| Przykład | |
| Eksom jest badany przy użyciu próbki DNA. | Transkryptom jest badany przy użyciu próbki RNA. |
| Metoda badania | |
| Sekwencjonowanie całego egzomu to metoda badania egzomu. | Sekwencjonowanie RNA to metoda badania transkryptomu. |
Podsumowanie – egzom kontra transkryptom
Eksony są sekwencjami kodującymi geny i określają sekwencje mRNA białek. Zbiór tych sekwencji kodujących (egzonów) jest znany jako egzom organizmu. Geny są transkrybowane do cząsteczek mRNA przed wytworzeniem białek. Całkowite cząsteczki mRNA komórki lub tkanki w danym momencie są znane jako transkryptom. Transkryptom reprezentuje geny, które ulegają aktywnej ekspresji w mRNA w danym momencie. Transkryptom jest specyficzny dla komórek i tkanek oraz wpływa na warunki środowiskowe. To jest różnica między egzomem a transkryptomem.
