Kluczowa różnica między MLVA a MLST polega na tym, że MLVA wykorzystuje polimorfizm tandemowo powtarzających się sekwencji DNA do charakteryzowania gatunków drobnoustrojów, podczas gdy MLST wykorzystuje polimorfizm sekwencji DNA wewnętrznych fragmentów wielu genów porządkowych do charakteryzowania gatunków drobnoustrojów.
Typowanie drobnoustrojów jest zwykle używane do określenia źródła i dróg infekcji. Potwierdza lub wyklucza epidemie. Typowanie drobnoustrojów pozwala również śledzić transmisję krzyżową patogenów związanych z opieką zdrowotną i rozpoznaje zjadliwe szczepy. Ponadto typowanie drobnoustrojów ocenia skuteczność środków kontroli patogennych gatunków drobnoustrojów. MLVA i MLST to dwie techniki biologii molekularnej stosowane w typowaniu drobnoustrojów.
Co to jest MLVA?
Analiza wielu loci VNTR (MLVA) to metoda biologii molekularnej, która wykorzystuje polimorfizm tandemowo powtarzających się sekwencji DNA do charakteryzowania gatunków drobnoustrojów. Jest to metoda wykorzystywana do analizy genetycznej poszczególnych gatunków drobnoustrojów.
Podczas pierwszego etapu MLVA, każde docelowe locus VNTR jest amplifikowane przez PCR ze starterami specyficznymi dla regionu flankującego. Następnie otrzymane fragmenty rozdziela się pod względem wielkości przez elektroforezę na sekwenatorze kapilarnym. Genotypowanie każdego locus i wyniki zebrane z każdej próbki pozwalają scharakteryzować mikroorganizm, którego gatunek jest znany. Umożliwia również identyfikację podgatunków poprzez typowanie alleli i porównanie z bazami danych MLVA.
Rysunek 01: MLVA
Ta metoda MLVA jest bardziej selektywna niż metoda MLST. Ponadto metoda MLVA nie wymaga etapu sekwencjonowania DNA. W ten sposób umożliwia rozróżnienie bliskich podgatunków lub gatunków klonalnych.
Co to jest MLST?
Typowanie sekwencji Multilocus (MLST) to technika, która wykorzystuje polimorfizm sekwencji DNA wewnętrznych fragmentów wielu genów porządkowych do scharakteryzowania gatunków drobnoustrojów. MLST to technika analizy genetycznej do typowania wielu loci.
Rysunek 02: MLST
Jest to typ sekwencjonowania stosowany jako technika referencyjna do rozróżniania różnych szczepów gatunków drobnoustrojów. Metoda ta opiera się na sekwencjonowaniu genów porządkowych. Geny porządkowe normalnie kodują niezbędne białka czynników drobnoustrojowych, takich jak bakteria. Te sekwencje genów porządkowych charakteryzują się tym, że w czasie wykazują stabilny polimorfizm. Dlatego różnice w sekwencjach genów porządkowych są wystarczające do odróżnienia szczepów od siebie. Ponadto pierwszym opracowanym schematem MLST była Neisseria meningitidis, czynnik wywołujący meningokokowe zapalenie opon mózgowych i posocznicę. Od momentu wprowadzenia, MLST jest stosowany nie tylko w przypadku patogenów ludzkich, ale także patogenów roślinnych.
Jakie są podobieństwa między MLVA a MLST?
- MLVA i MLST to dwie techniki biologii molekularnej stosowane w typowaniu drobnoustrojów.
- Obie techniki mogą być użyte do analizy filogenetycznej drobnoustrojów.
- Obie techniki są oparte na polimorfizmie genetycznym.
- Mogą być używane do wykrywania chorób ludzkich wywołujących patogeny drobnoustrojowe.
- Obie techniki powinny być wykonywane przez wykwalifikowanych biologów molekularnych.
Jaka jest różnica między MLVA a MLST?
MLVA to technika, która wykorzystuje polimorfizm tandemowo powtarzających się sekwencji DNA do scharakteryzowania gatunków drobnoustrojów. Tymczasem MLST to technika wykorzystująca polimorfizm sekwencji DNA wewnętrznych fragmentów wielu genów porządkowych do scharakteryzowania gatunków drobnoustrojów. Jest to więc kluczowa różnica między MLVA a MLST. Ponadto metoda MLVA jest bardziej selektywna niż metoda MLST.
Poniższa infografika przedstawia różnice między MLVA i MLST w formie tabelarycznej do bezpośredniego porównania.
Podsumowanie – MLVA vs MLST
MLVA i MLST to dwie techniki biologii molekularnej stosowane w typowaniu drobnoustrojów. MLVA wykorzystuje polimorfizm tandemowo powtarzających się sekwencji DNA do charakteryzowania gatunków drobnoustrojów, podczas gdy MLST wykorzystuje polimorfizm sekwencji DNA wewnętrznych fragmentów wielu genów porządkowych do charakteryzowania gatunków drobnoustrojów. To jest kluczowa różnica między MLVA a MLST.
