Kluczowa różnica między konsensusową PCR a pan PCR polega na tym, że konsensus PCR zawsze jest ukierunkowany na regiony konserwowane, podczas gdy Pan PCR jest ukierunkowany na regiony zmienne w celu identyfikacji różnych szczepów grupy
Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) to technika amplifikacji genu, która składa się z trzech głównych etapów: denaturacji, przyłączania i wydłużania. Ma to szerokie zastosowanie w diagnostyce i identyfikacji molekularnej. Techniki Consensus PCR i Pan PCR są oparte na docelowych starterach stosowanych przez każdy typ PCR.
Co to jest Consensus PCR?
Consensus PCR to technika PCR, której celem jest konserwowany region dla określonego gatunku lub rodzaju. Dlatego do amplifikacji wybierane są wysoce konserwatywne regiony. Dzięki tej metodzie organizmy mogą być identyfikowane i rozróżniane na podstawie ich konsensusu. Ta metoda identyfikuje chroniony region dla określonego gatunku. Na przykład, region 16s rRNA bakterii pozostaje regionem konserwowanym wśród bakterii. Dlatego do amplifikacji wymagany jest tylko jeden zestaw starterów. W większości przypadków dla konserwowanego regionu można zastosować uniwersalny starter specyficzny.
Rysunek 01: Technika PCR
Postępując zgodnie z metodą konsensusowego PCR, można wydedukować charakterystykę gatunkową i relacje ewolucyjne. Na podstawie wydajności amplifikacji konkretnego organizmu próbki, można również wywnioskować zgodność organizmu z grupą. Co więcej, przeprowadzenie konsensusowej reakcji PCR jest niezbędne w badaniach filogenetycznych. Pozwala na identyfikację gatunku i interpretuje odchylenie danego organizmu pod kątem wspólnego przodka.
Co to jest Pan PCR?
Pan PCR jest trybem multipleksacji PCR. W tej technice amplifikuje się różne szczepy przy użyciu różnych docelowych starterów. Jednak cele mogą być wspólnymi celami dla grup szczepów. Tak więc w Pan PCR można użyć więcej niż dwóch zestawów starterów jednocześnie. Może odbywać się metodą reakcji w jednej probówce lub jako metoda reakcji w wielu probówkach. Pan PCR jest bardziej czasochłonny i bardziej złożony w porównaniu z konsensusową PCR. Z tego powodu interpretacja wyników PCR może być również bardziej złożona w Pan PCR.
Głównym zastosowaniem Pan PCR jest diagnostyka molekularna. Umożliwia rozróżnienie różnych szczepów gatunku poprzez amplifikację docelową. Pan PCR to idealna technika do identyfikacji różnych szczepów jednego gatunku powodujących chorobę. W większości przypadków automatyzacja technik Pan PCR dla różnych warunków zdrowotnych jest bardzo ważna i jest techniką niezawodną i wysoce wydajną.
Jakie są podobieństwa między Consensus PCR a Pan PCR?
- Consensus PCR i Pan PCR to dwa rodzaje technik PCR.
- Obie procedury są zgodne z ogólną trzyetapową procedurą – denaturacja, wyżarzanie i wydłużanie.
- Używają starterów, które są specyficzne dla celu.
- Obie reakcje zachodzą w termocyklerze.
- Te reakcje mogą być zautomatyzowane.
- Oba mogą być stosowane w diagnostyce molekularnej i identyfikacji; jednak dokładność jest różna.
- Te procedury wymagają weryfikacji.
Jaka jest różnica między Consensus PCR a Pan PCR?
Zarówno Consensus jak i Pan PCR postępują według tej samej rutynowej procedury. Jednak kluczowa różnica między konsensusową PCR i Pan PCR opiera się na docelowych starterach, które wykorzystuje każda procedura. Podczas gdy konsensus PCR zawsze jest ukierunkowany na konserwowane regiony, Pan PCR jest ukierunkowany na regiony zmienne w celu identyfikacji różnych szczepów grupy. Ze względu na tę różnicę, protokoły projektowania starterów, liczba używanych zestawów starterów i konkretne zastosowania różnią się.
Poniższa infografika podsumowuje różnicę między Consensus PCR i Pan PCR.
Podsumowanie – Consensus PCR vs Pan PCR
PCR, wprowadzony przez Mulli, odgrywa ważną rewolucyjną rolę w zastosowaniach biologii molekularnej. Consensus i Pan PCR to dwa rodzaje PCR oparte na ich docelowych regionach starterów. Podczas gdy konsensus PCR jest ukierunkowany na regiony konserwowane, Pan PCR jest ukierunkowany na regiony zmienne i odgrywa ważną rolę w identyfikacji szczepu. Ze względu na tę podstawową różnicę między konsensusową PCR i Pan PCR, specyficzne funkcje każdego rodzaju PCR również różnią się od analizy filogenetycznej, przez charakterystykę molekularną, aż po diagnostykę molekularną.
